应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
21120/22返回列表首页上一页171819202122下一页
查看: 12726  |  回复: 210
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zhongshun

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问怎么pdb中怎么设定HIS的质子化状态（拓扑文件中已经定义过的）？
为什么在pdb文件中HIS对应的原子个数要少于拓扑文件中定义的个数呢？刚学NAMD不太懂，求解答

已解决，答案见192楼

[ Last edited by zhongshun on 2012-6-5 at 22:31 ]
赞一下 回复此楼
191楼2012-06-04 10:53:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-06-05 10:38:19
引用回帖:
17622610楼: Originally posted by zhongshun at 2012-06-04 10:53:50
请问怎么pdb中怎么设定HIS的质子化状态（拓扑文件中已经定义过的）？
为什么在pdb文件中HIS对应的原子个数要少于拓扑文件中定义的个数呢？刚学NAMD不太懂，求解答

pdb 中只有重原子, 没有H的
而HIS的质子化状态体现在H原子多少上

top 文件定义了三种HIS的状态, 分别用不同的resname 名称表示
namd 中, 在制作pdb/psf 文件时候使用pdbalias,
把pdb 中的HIS名称alias成 对应的top 中的resname 就行了
赞一下(1人) 回复此楼
192楼2012-06-04 13:12:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhongshun

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
alias命令可以将HIS部分换成HSE，部分换成HSD吗，我直接在pdb文件中更换可以吗？还有pdb文件中将残基换成了A和B两个大组，A组有21个，B组有30个，运行pgn之后生成的pdb文件却只有30个残基，是由A组和B组的后9个组成的，这个问题怎么解决呀，是不是在编写pgn时要加什么语句呀，刚开始学，问题挺多的，望见谅
Tconsole运行中显示有psfgen) extracted 51 residues from pdb file，可为什么得到的pdb文件中就只有30个残基呢


已解决，答案见194楼

[ Last edited by zhongshun on 2012-6-5 at 22:30 ]
赞一下 回复此楼
193楼2012-06-04 17:58:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-06-05 10:38:29
引用回帖:
17622707楼: Originally posted by zhongshun at 2012-06-04 17:58:40
alias命令可以将HIS部分换成HSE，部分换成HSD吗，我直接在pdb文件中更换可以吗？还有pdb文件中将残基换成了A和B两个大组，A组有21个，B组有30个，运行pgn之后生成的pdb文件却只有30个残基，是由A组和B组的后9个组成 ...

多条chain 的蛋白, 需要每条拆分成一个pdb, 然后分别建立segment的
可以查阅一下namd ug 的使用说明, 在第四章
赞一下(1人) 回复此楼
194楼2012-06-05 08:27:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhusy87

禁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
195楼2012-06-05 16:25:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhongshun

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
谢谢bay__gulf 版主，看来还是不能偷懒，不看ug浪费的时间更多呀
赞一下 回复此楼
196楼2012-06-05 22:26:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhongshun

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
求助关于namd中能量优化的一点疑问
能量优化过程说要分两步进行：通常我们会首先将蛋白质固定而仅允许水分子运动，进行能量最小化和能量平衡；然后允许蛋白质和水分子同时运动。这是要在配置文件中自己设置吗，还是namd本身就固定了这种模式？

还有我在一篇文献中看到可以在namd的能量最小化和动力学模拟中对蛋白质溶质施加指定大小的约束，并缓慢升温。但是我在namd的tutorial和user guide中都没有看到这方面的内容，所以不知道具体该怎么做

[ Last edited by zhongshun on 2012-6-12 at 12:26 ]
赞一下 回复此楼
197楼2012-06-12 11:58:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaoxin1

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我是新手   请问NAMD可以计算  单壁碳纳米管和聚合物在水中的吸附吗？ 另外怎么建模和得到par以及top文件啊  我不知怎么编译  求高手指点  谢谢了
赞一下 回复此楼
198楼2013-10-25 14:33:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

WHL_Allen

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
您好，麻烦问一下，怎样用vmd显示自定义原子的大小（球的大小）？
详细一点说，我重新自定义的原子（非正常的原子），我想用vmd根据自定义的segma值，来显示原子的大小，不是用右下角那个标度调一调那种。可以做到吗？
赞一下 回复此楼
199楼2013-10-25 15:37:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

peterli.shu
200楼2013-10-25 15:51:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 bay__gulf 的主题更新
21120/22返回列表首页上一页171819202122下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +5 zju2000 2026-08-16 5/250 2026-08-16 23:23 by Haru815
[论文投稿] 岩土工程学报什么时候才能终审完呐 25+3 yeager111 2026-08-10 4/200 2026-08-16 20:42 by tfang
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 6/300 2026-08-16 20:07 by 奶牛小黑
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +3 Tide man 2026-08-14 3/150 2026-08-16 17:47 by jurkat.1640
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +9 Ldrop2023 2026-08-13 9/450 2026-08-16 13:24 by wukun_007
[基金申请] 我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人 +11 家与远方 2026-08-10 16/800 2026-08-16 10:28 by ray43
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +6 wangze12014 2026-08-14 7/350 2026-08-15 20:12 by gltch
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +12 Tide man 2026-08-10 13/650 2026-08-15 16:34 by 氺木
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[基金申请] filecode +15 documentary 2026-08-10 17/850 2026-08-14 10:08 by kissu88
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 确定了，国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭