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zhongshun

至尊木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
请问怎么pdb中怎么设定HIS的质子化状态(拓扑文件中已经定义过的)?
为什么在pdb文件中HIS对应的原子个数要少于拓扑文件中定义的个数呢?刚学NAMD不太懂,求解答

已解决,答案见192楼

[ Last edited by zhongshun on 2012-6-5 at 22:31 ]
191楼2012-06-04 10:53:50
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-06-05 10:38:19
引用回帖:
17622610楼: Originally posted by zhongshun at 2012-06-04 10:53:50
请问怎么pdb中怎么设定HIS的质子化状态(拓扑文件中已经定义过的)?
为什么在pdb文件中HIS对应的原子个数要少于拓扑文件中定义的个数呢?刚学NAMD不太懂,求解答

pdb 中只有重原子, 没有H的
而HIS的质子化状态体现在H原子多少上

top 文件定义了三种HIS的状态, 分别用不同的resname 名称表示
namd 中, 在制作pdb/psf 文件时候使用pdbalias,
把pdb 中的HIS名称alias成 对应的top 中的resname 就行了
192楼2012-06-04 13:12:38
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zhongshun

至尊木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
alias命令可以将HIS部分换成HSE,部分换成HSD吗,我直接在pdb文件中更换可以吗?还有pdb文件中将残基换成了A和B两个大组,A组有21个,B组有30个,运行pgn之后生成的pdb文件却只有30个残基,是由A组和B组的后9个组成的,这个问题怎么解决呀,是不是在编写pgn时要加什么语句呀,刚开始学,问题挺多的,望见谅
Tconsole运行中显示有psfgen) extracted 51 residues from pdb file,可为什么得到的pdb文件中就只有30个残基呢


已解决,答案见194楼

[ Last edited by zhongshun on 2012-6-5 at 22:30 ]
193楼2012-06-04 17:58:40
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-06-05 10:38:29
引用回帖:
17622707楼: Originally posted by zhongshun at 2012-06-04 17:58:40
alias命令可以将HIS部分换成HSE,部分换成HSD吗,我直接在pdb文件中更换可以吗?还有pdb文件中将残基换成了A和B两个大组,A组有21个,B组有30个,运行pgn之后生成的pdb文件却只有30个残基,是由A组和B组的后9个组成 ...

多条chain 的蛋白, 需要每条拆分成一个pdb, 然后分别建立segment的
可以查阅一下namd ug 的使用说明, 在第四章
194楼2012-06-05 08:27:09
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zhusy87

禁虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
本帖内容被屏蔽

195楼2012-06-05 16:25:03
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zhongshun

至尊木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
谢谢bay__gulf 版主,看来还是不能偷懒,不看ug浪费的时间更多呀
196楼2012-06-05 22:26:39
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zhongshun

至尊木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
求助关于namd中能量优化的一点疑问
能量优化过程说要分两步进行:通常我们会首先将蛋白质固定而仅允许水分子运动,进行能量最小化和能量平衡;然后允许蛋白质和水分子同时运动。这是要在配置文件中自己设置吗,还是namd本身就固定了这种模式?

还有我在一篇文献中看到可以在namd的能量最小化和动力学模拟中对蛋白质溶质施加指定大小的约束,并缓慢升温。但是我在namd的tutorial和user guide中都没有看到这方面的内容,所以不知道具体该怎么做

[ Last edited by zhongshun on 2012-6-12 at 12:26 ]
197楼2012-06-12 11:58:35
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yaoxin1

铜虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我是新手   请问NAMD可以计算  单壁碳纳米管和聚合物在水中的吸附吗? 另外怎么建模和得到par以及top文件啊  我不知怎么编译  求高手指点  谢谢了
198楼2013-10-25 14:33:01
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WHL_Allen

铜虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
您好,麻烦问一下,怎样用vmd显示自定义原子的大小(球的大小)?
详细一点说,我重新自定义的原子(非正常的原子),我想用vmd根据自定义的segma值,来显示原子的大小,不是用右下角那个标度调一调那种。可以做到吗?
199楼2013-10-25 15:37:13
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200楼2013-10-25 15:51:52
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