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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
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zhongshun

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问怎么pdb中怎么设定HIS的质子化状态（拓扑文件中已经定义过的）？
为什么在pdb文件中HIS对应的原子个数要少于拓扑文件中定义的个数呢？刚学NAMD不太懂，求解答

已解决，答案见192楼

[ Last edited by zhongshun on 2012-6-5 at 22:31 ]
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191楼2012-06-04 10:53:50
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-06-05 10:38:19
引用回帖:
17622610楼: Originally posted by zhongshun at 2012-06-04 10:53:50
请问怎么pdb中怎么设定HIS的质子化状态（拓扑文件中已经定义过的）？
为什么在pdb文件中HIS对应的原子个数要少于拓扑文件中定义的个数呢？刚学NAMD不太懂，求解答

pdb 中只有重原子, 没有H的
而HIS的质子化状态体现在H原子多少上

top 文件定义了三种HIS的状态, 分别用不同的resname 名称表示
namd 中, 在制作pdb/psf 文件时候使用pdbalias,
把pdb 中的HIS名称alias成 对应的top 中的resname 就行了
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192楼2012-06-04 13:12:38
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zhongshun

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
alias命令可以将HIS部分换成HSE，部分换成HSD吗，我直接在pdb文件中更换可以吗？还有pdb文件中将残基换成了A和B两个大组，A组有21个，B组有30个，运行pgn之后生成的pdb文件却只有30个残基，是由A组和B组的后9个组成的，这个问题怎么解决呀，是不是在编写pgn时要加什么语句呀，刚开始学，问题挺多的，望见谅
Tconsole运行中显示有psfgen) extracted 51 residues from pdb file，可为什么得到的pdb文件中就只有30个残基呢


已解决，答案见194楼

[ Last edited by zhongshun on 2012-6-5 at 22:30 ]
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193楼2012-06-04 17:58:40
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-06-05 10:38:29
引用回帖:
17622707楼: Originally posted by zhongshun at 2012-06-04 17:58:40
alias命令可以将HIS部分换成HSE，部分换成HSD吗，我直接在pdb文件中更换可以吗？还有pdb文件中将残基换成了A和B两个大组，A组有21个，B组有30个，运行pgn之后生成的pdb文件却只有30个残基，是由A组和B组的后9个组成 ...

多条chain 的蛋白, 需要每条拆分成一个pdb, 然后分别建立segment的
可以查阅一下namd ug 的使用说明, 在第四章
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194楼2012-06-05 08:27:09
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zhusy87

禁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
195楼2012-06-05 16:25:03
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zhongshun

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
谢谢bay__gulf 版主，看来还是不能偷懒，不看ug浪费的时间更多呀
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196楼2012-06-05 22:26:39
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zhongshun

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
求助关于namd中能量优化的一点疑问
能量优化过程说要分两步进行：通常我们会首先将蛋白质固定而仅允许水分子运动，进行能量最小化和能量平衡；然后允许蛋白质和水分子同时运动。这是要在配置文件中自己设置吗，还是namd本身就固定了这种模式？

还有我在一篇文献中看到可以在namd的能量最小化和动力学模拟中对蛋白质溶质施加指定大小的约束，并缓慢升温。但是我在namd的tutorial和user guide中都没有看到这方面的内容，所以不知道具体该怎么做

[ Last edited by zhongshun on 2012-6-12 at 12:26 ]
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197楼2012-06-12 11:58:35
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yaoxin1

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我是新手   请问NAMD可以计算  单壁碳纳米管和聚合物在水中的吸附吗？ 另外怎么建模和得到par以及top文件啊  我不知怎么编译  求高手指点  谢谢了
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198楼2013-10-25 14:33:01
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WHL_Allen

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
您好，麻烦问一下，怎样用vmd显示自定义原子的大小（球的大小）？
详细一点说，我重新自定义的原子（非正常的原子），我想用vmd根据自定义的segma值，来显示原子的大小，不是用右下角那个标度调一调那种。可以做到吗？
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199楼2013-10-25 15:37:13
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peterli.shu
200楼2013-10-25 15:51:52
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