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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

模拟EPI: 8
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专业: 理论和计算化学
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[交流] 【在线答疑】关于NAMD/VMD已有27人参与

看到这个板块的在线答疑方式办得很好，这里也尽自己的薄力给大家一些关于NAMD/VMD 原理及使用方面的帮助。

本帖旨在邀请各位朋友集中提问和回答NAMD/VMD的问题，欢迎每个虫子参与提问与回答。我将尽可能的抽出时间来尽我所能回答该帖相关问题。
注意：
1. 请回答问题的虫子勿必回帖时注明：【回复__楼】；
2. 提问的虫子们得到答案后应该重新编辑自己的提问帖，在下面附上：【已解决，答案见__楼】

namd/vmd 官网上的一些好东西，一个免费软件提供的服务比收费软件还要全面。
这里列几个，不保证全。有些链接很深，需要仔细点找。

http://www.ks.uiuc.edu/    首页
http://www.ks.uiuc.edu/Highlights/index.cgi 一些亮点文章，可以索要，但不如看看网页的介绍
http://www.ks.uiuc.edu/Research/Categories/ 一些分类算例
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/  VMD
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/docs.html vmd文档，里面的链接最好都看看
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/                VMD Plugin Library
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/       VMD Script Library
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/          VMD-L Mailing List
http://biocore.ks.uiuc.edu/bioco ... ips/tclscripts.html    一些脚本，或许对你有用
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ NAMD
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/wiki/                   NamdWiki
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/mailing_list/       NAMD Mailing List
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/documentation.html NAMD Documentation，推荐看一下NAMD 1.5 Programmer's Guide ，我还没有看，谁看完了讲一下。
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/announcements.html NAMD Announcements
http://www.ks.uiuc.edu/Training/                                              Training
http://www.ks.uiuc.edu/Training/CaseStudies/index.html          Case Studies
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/             Tutorials，那些pdf 和代码，常更新。就是说本来对你有用的可能下个月就找不到了

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 18:04 ]

回复此楼

1楼2009-05-02 11:11:38

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神秘星球

木虫 (正式写手)

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专业: 光学

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

引用回帖:

126楼: Originally posted by fantastic at 2010-03-07 10:34:14
不知道楼主有没有用NAMD的FEP或者TI计算过
我看了那个教程，还是不知道那个FEP文件怎么准备？按照教程上面说的做，但是用alchemify处理时，显示还是没有始态与终态？

另外一个问题，我用预编译的NAMD，想要在 ...

请问一下++local 是什么意思？