【在线答疑】关于NAMD/VMD - 分子模拟 - 其他 - 第16页小木虫论坛-学术科研互动平台

bay__gulf

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lei0736(金币+4):谢谢 2010-03-29 10:29

引用回帖:

Originally posted by 200472027 at 2010-03-27 17:06:37:
我在分子模拟论坛上找了一遍，没看到有关于给原子加力的帖子，
请问前辈给个链接呗

mdbbs 我整理过一个教程
http://www.mdbbs.org/thread-13129-1-1.html
UIUC也有两个
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/science/forces/
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/science/nanotubes/
我们的课题有点类似, 你留个qq

152楼2010-03-27 17:46:24

200472027

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153楼2010-03-27 19:20:32

200472027

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154楼2010-03-29 10:01:25

bay__gulf

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lei0736(金币+4):谢谢 2010-03-29 12:55

1. 蛋白中的C-α ，指的是什么？
alpha C原子

2. PDB文件中的occupancy（占有率），是什么意思？
含义http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=17565&page=1#pid91586
作用http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=7956&page=1#pid55489

3. patch具体指什么？
http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=10227

155楼2010-03-29 11:59:13

200472027

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156楼2010-03-29 19:32:57

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lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-30 08:55

引用回帖:

Originally posted by 200472027 at 2010-03-29 19:32:57:
patch中的N-terminus，为什么是-NH3呢，正常不应该是-NH2吗？
怎么多添加一个H呢？

[ Last edited by 200472027 on 2010-3-29 at 12:58 ]

水中是-NH3,
输水介质,如膜内,蛋白质内部,是-NH2

157楼2010-03-29 20:10:18

200472027

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158楼2010-03-29 20:24:24

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lei0736(金币+3):谢谢 2010-03-30 17:04

正常的CTER是下面的样子
PRES CTER       -1.00 ! standard C-terminus
GROUP                      !  use in generate statement
ATOM C CC    0.34 ! OT2(-)
ATOM OT1  OC    -0.67 !  /
ATOM OT2  OC    -0.67 ! -C
DELETE ATOM O          !  \\
BOND C OT2                ! OT1
DOUBLE  C OT1
IMPR C CA OT2 OT1

减号指前一个残基上的C

159楼2010-03-30 09:10:47

200472027

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160楼2010-03-30 16:27:24