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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-24 10:37
引用回帖:
Originally posted by 200472027 at 2010-03-19 20:30:14:
计算RMSD的脚本中
for {set i 1 } {$i < $nf } { incr i } {
    set sel [atomselect top "protein and backbone and noh" frame $i]
    set all [atomselect top all frame $i]
    $all mov ...

这步不可以省略
蛋白质在run 的过程中会发生平移和旋转, 这些运动不影响结构变化
这句就是扣除这两种运动方式
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141楼2010-03-19 21:45:49
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200472027

禁虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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142楼2010-03-19 23:15:49
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
Bay兄好，我在进行一个含有NAD的脱氢酶的分子动力学模拟，利用VMD进行PSF文件的准备，整个过程是这样的，利用Pymol加氢，在TOP文件中除了默认的那个之外还加上了toppar_all27_na_nad.ppi.str,加水盒，再写NAMD的CONFIG文件时，par文件同样加上了toppar_all27_na_nad.ppi.str，可是在最后的运行中出现了能量最小化无法进行，问题程序如下：

D:\namd>namd2 BphBW.namd
Charm++: standalone mode (not using charmrun)
Info: NAMD 2.6 for Win32-i686
Info: Based on Charm++/Converse 50900 for net-win32-smp
Info: Built Wed Aug 30 14:13:15 2006 by administrator on malta
Info: Running on 1 processors.
Info: 0 kB of memory in use.
Info: Memory usage based on nothing
Info: Configuration file is BphBW.namd
TCL: Suspending until startup complete.
Info: SIMULATION PARAMETERS:
Info: TIMESTEP               1
Info: NUMBER OF STEPS        0
Info: STEPS PER CYCLE        20
Info: LOAD BALANCE STRATEGY  Other
Info: LDB PERIOD             4000 steps
Info: FIRST LDB TIMESTEP     100
Info: LDB BACKGROUND SCALING 1
Info: HOM BACKGROUND SCALING 1
Info: MAX SELF PARTITIONS    50
Info: MAX PAIR PARTITIONS    20
Info: SELF PARTITION ATOMS   125
Info: PAIR PARTITION ATOMS   200
Info: PAIR2 PARTITION ATOMS  400
Info: MIN ATOMS PER PATCH    100
Info: INITIAL TEMPERATURE    298
Info: CENTER OF MASS MOVING INITIALLY? NO
Info: DIELECTRIC             1
Info: EXCLUDE                SCALED ONE-FOUR
Info: 1-4 SCALE FACTOR       1
Info: DCD FILENAME           D:/namd/BphBW.dcd
Info: DCD FREQUENCY          50
Info: DCD FIRST STEP         50
Info: XST FILENAME           D:/namd/BphBW.xst
Info: XST FREQUENCY          50
Info: NO VELOCITY DCD OUTPUT
Info: OUTPUT FILENAME        D:/namd/BphBW
Info: RESTART FILENAME       D:/namd/BphBW.restart
Info: RESTART FREQUENCY      1000
Info: SWITCHING ACTIVE
Info: SWITCHING ON           9
Info: SWITCHING OFF          10
Info: PAIRLIST DISTANCE      12
Info: PAIRLIST SHRINK RATE   0.01
Info: PAIRLIST GROW RATE     0.01
Info: PAIRLIST TRIGGER       0.3
Info: PAIRLISTS PER CYCLE    2
Info: PAIRLISTS ENABLED
Info: MARGIN                 0
Info: HYDROGEN GROUP CUTOFF  2.5
Info: PATCH DIMENSION        14.5
Info: ENERGY OUTPUT STEPS    100
Info: CROSSTERM ENERGY INCLUDED IN DIHEDRAL
Info: TIMING OUTPUT STEPS    1000
Info: USING VERLET I (r-RESPA) MTS SCHEME.
Info: C1 SPLITTING OF LONG RANGE ELECTROSTATICS
Info: PLACING ATOMS IN PATCHES BY HYDROGEN GROUPS
Info: NONBONDED FORCES EVALUATED EVERY 2 STEPS
Info: RANDOM NUMBER SEED     1269358131
Info: USE HYDROGEN BONDS?    NO
Info: COORDINATE PDB         D:/namd/BphBW.pdb
Info: STRUCTURE FILE         D:/namd/BphBW.psf
Info: PARAMETER file: CHARMM format!
Info: PARAMETERS             D:/Program Files/University of Illinois/VMD/plugins
/noarch/tcl/readcharmmpar1.1/par_all27_prot_lipid_na.inp
Info: PARAMETERS             D:/namd/toppar/stream/toppar_all27_na_nad_ppi.str
Info: USING ARITHMETIC MEAN TO COMBINE L-J SIGMA PARAMETERS

Warning: DUPLICATE ANGLE ENTRY FOR CPH1-NR1-CPH2
PREVIOUS VALUES  k=130  theta0=107.5 k_ub=0 r_ub=0
   USING VALUES  k=130  theta0=107 k_ub=0 r_ub=0
Info: SKIPPING rtf SECTION IN STREAM FILE
Warning: SKIPPING PART OF PARAMETER FILE AFTER RETURN STATEMENT
Info: SUMMARY OF PARAMETERS:
Info: 307 BONDS
Info: 769 ANGLES
Info: 1254 DIHEDRAL
Info: 81 IMPROPER
Info: 6 CROSSTERM
Info: 190 VDW
Info: 0 VDW_PAIRS
Info: ****************************
Info: STRUCTURE SUMMARY:
Info: 57466 ATOMS
Info: 39760 BONDS
Info: 25471 ANGLES
Info: 11235 DIHEDRALS
Info: 692 IMPROPERS
Info: 279 CROSSTERMS
Info: 0 EXCLUSIONS
Info: 172395 DEGREES OF FREEDOM
Info: 19860 HYDROGEN GROUPS
Info: TOTAL MASS = 349765 amu
Info: TOTAL CHARGE = -5 e
Info: *****************************
Info: Entering startup phase 0 with 0 kB of memory in use.
Info: Entering startup phase 1 with 0 kB of memory in use.
Info: Entering startup phase 2 with 0 kB of memory in use.
Info: Entering startup phase 3 with 0 kB of memory in use.
Info: PATCH GRID IS 5 BY 8 BY 6
Info: REMOVING COM VELOCITY 0.0200817 -0.00200932 -0.0315461
Info: LARGEST PATCH (101) HAS 340 ATOMS
Info: CREATING 4195 COMPUTE OBJECTS
Info: Entering startup phase 4 with 0 kB of memory in use.
Info: Entering startup phase 5 with 0 kB of memory in use.
Info: Entering startup phase 6 with 0 kB of memory in use.
Measuring processor speeds... Done.
Info: Entering startup phase 7 with 0 kB of memory in use.
Info: CREATING 4195 COMPUTE OBJECTS
Info: NONBONDED TABLE R-SQUARED SPACING: 0.0625
Info: NONBONDED TABLE SIZE: 705 POINTS
Info: ABSOLUTE IMPRECISION IN FAST TABLE ENERGY: 1.69407e-021 AT 9.89634
Info: RELATIVE IMPRECISION IN FAST TABLE ENERGY: 1.52418e-014 AT 9.94673
Info: ABSOLUTE IMPRECISION IN FAST TABLE FORCE: 8.47033e-022 AT 9.94673
Info: RELATIVE IMPRECISION IN FAST TABLE FORCE: 6.77309e-016 AT 9.94673
Info: ABSOLUTE IMPRECISION IN VDWA TABLE ENERGY: 1.57772e-030 AT 9.89634
Info: RELATIVE IMPRECISION IN VDWA TABLE ENERGY: 4.54938e-015 AT 9.94673
Info: ABSOLUTE IMPRECISION IN VDWA TABLE FORCE: 5.91646e-031 AT 9.94673
Info: RELATIVE IMPRECISION IN VDWA TABLE FORCE: 5.6823e-016 AT 9.94673
Info: ABSOLUTE IMPRECISION IN VDWB TABLE ENERGY: 4.71751e-025 AT 9.94673
Info: RELATIVE IMPRECISION IN VDWB TABLE ENERGY: 1.45371e-014 AT 9.94673
Info: ABSOLUTE IMPRECISION IN VDWB TABLE FORCE: 6.20385e-025 AT 9.94673
Info: RELATIVE IMPRECISION IN VDWB TABLE FORCE: 5.97512e-016 AT 9.94673
Info: Entering startup phase 8 with 0 kB of memory in use.
Info: Finished startup with 0 kB of memory in use.
TCL: Minimizing for 1000 steps
Warning: Bad global exclusion count, possible error!
Warning: Increasing cutoff during minimization may avoid this.
ETITLE:      TS           BOND          ANGLE          DIHED          IMPRP
          ELECT            VDW       BOUNDARY           MISC        KINETIC
          TOTAL           TEMP         TOTAL2         TOTAL3        TEMPAVG

ENERGY:       0   5244966.2491        -1.#IND         1.#QNB         1.#QNB
   -199915.8640  99999999.9999         0.0000         0.0000         0.0000
         1.#QNB         0.0000         1.#QNB         1.#QNB         0.0000

OPENING EXTENDED SYSTEM TRAJECTORY FILE
INITIAL STEP: 1e-006
GRADIENT TOLERANCE: 1.#QNAN
在这里就进行不下去，推测原因如程序中提到的，增大CUTOFF值貌似也不好用，请Bay兄指点一下可能的原因~谢谢
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143楼2010-03-23 23:40:57
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-24 10:37
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-03-23 23:40:57:
Bay兄好，我在进行一个含有NAD的脱氢酶的分子动力学模拟，利用VMD进行PSF文件的准备，整个过程是这样的，利用Pymol加氢，在TOP文件中除了默认的那个之外还加上了toppar_all27_na_nad.ppi.str,加水盒，再写NAMD的C ...

最可能是par 文件有问题,也可能是构形的问题
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144楼2010-03-24 08:48:25
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
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引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-03-24 08:48:25:

最可能是par 文件有问题,也可能是构形的问题

bay兄，我在打开那个含有NAD的str文件后，上面说应该先读入XX.RTF和XX.PRM文件，意思是不是说我在载入STR文件前，应当先吧上述两个文件加到TOP文件和PAR文件的选项里？出现之前问题的原因还有没有可能是我没有给分子加PATCH?
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145楼2010-03-24 14:01:30
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200472027

禁虫 (著名写手)
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146楼2010-03-25 19:21:58
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-03-26 09:07
可以把力放在xyz列中,这个pdb文件就是存储力而不是坐标的了
如果给每个水(OH2)施加+z 方向的0.02大小的力
$all  set  {x y z}  {0 0 0}
$wat  set  {x y z}  {0 0 0.02}

如果要做跨膜传输, 记得膜中的水不要加力
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147楼2010-03-25 20:14:26
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200472027

禁虫 (著名写手)
★
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148楼2010-03-25 20:25:01
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-03-26 09:07
分子模拟文集:膜蛋白的MD模拟

至于蛋白晶体结构中的水是否要删除,这个看情况.那些不可或缺的水在晶体中往往起着桥连的作用,删除后外部的水再次进入需要一定时间,蛋白在这段时间可能会发生变形.而如前所述,蛋白在膜中和晶体中的结构往往不同,如果在膜中的结构不需要那些水,则应该删除.如果不能确定可以按照前者的建议,但此时还需注意水的segname.
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149楼2010-03-25 22:25:42
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200472027

禁虫 (著名写手)
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150楼2010-03-25 22:33:55
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