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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
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fantastic

银虫 (著名写手)
想要请问一下楼主，如果我要跑小分子与蛋白的体系，gmx有一个web sever可以用，用NAMD的话，那小分子的拓扑文件又该如何准备呢？谢谢！
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121楼2010-01-28 17:05:57
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-01-29 10:04
lei0736(金币+20):应wanlichuan要求转移给你 感谢你赠送邀请码 2010-02-06 10:07
namd用psfgen生成psf文件。参考
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.7b2/ug/node16.html
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122楼2010-01-28 17:15:27
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
想请问一下，当处理分子中带有杂原子的时候，比如FAD,或是金属原子的时候，它们的参数如何获得呢？看到VMD中有PARATOOL可以建立缺失原子类型的常数，但是在用的时候总出错，想问下楼主知道PARATOOL可以处理以上两种类型的物质吗？如果不可以的话，有没有其它的方法获得这些物质的CHARMM力场常数？谢谢指教
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123楼2010-02-10 13:36:23
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4):谢谢 2010-02-13 10:45
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-02-10 13:36:23:
想请问一下，当处理分子中带有杂原子的时候，比如FAD,或是金属原子的时候，它们的参数如何获得呢？看到VMD中有PARATOOL可以建立缺失原子类型的常数，但是在用的时候总出错，想问下楼主知道PARATOOL可以处理以上两 ...

charmm力场可以处理有机小分子,但大部分没有现成的参数,水合离子除Na,K,Mg,Ca,Zn,Ce,Cl外也没有,需要自己制作,制作方法参考http://www.mdbbs.org/thread-16875-1-1.html

可以以两种方法加入namd计算,如果力场参数形式可以被charmm接受,则可以加到相应par文件里面;如果需要特殊的函数形式,则可以用tclForce，tclBC或External Program Forces等处理,但这类原子数目太多会影响计算速度.

[ Last edited by bay__gulf on 2010-2-10 at 20:29 ]
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124楼2010-02-10 20:28:43
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vincentye

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
楼主，我在windows下使用x-win32 9.1 远程连接ubuntu9.04，上面装有vmd

我按照vmd官网上的说明，对x-win32进行了设置，说明如下

Using the VMD GUI on Windows
To get the graphical user interfaces for VMD on Windows using XWin-32 and putty may require an additional step to get the OpenGL library (compared to the usual procedure to get an X-Window).

Right click on the XWin-32 button and go the Xconfig. Open the Other tab. Depending on the version of X-Win32, check the box labeled OpenGL Software Rendering .. or the box labeled GLX Buffering. Then restart X-Win32.

As usual when using putty, go to the ssh tab, and make sure X11 tunneling is "on". On some versions of putty, this is under "tunneling". This allows you to get an X-Window on the HPC VCL image. You can check whether you can get a X-Window by typing:

xclock &
at the command line.



出现以下结果


ye@xjning:~$ vmd
rlwrap: Command not found.
Info) VMD for LINUXAMD64, version 1.8.7 (August 1, 2009)
Info) http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
Info) Email questions and bug reports to vmd@ks.uiuc.edu
Info) Please include this reference in published work using VMD:
Info)    Humphrey, W., Dalke, A. and Schulten, K., `VMD - Visual
Info)    Molecular Dynamics', J. Molec. Graphics 1996, 14.1, 33-38.
Info) -------------------------------------------------------------
Info) Multithreading available, 8 CPUs detected.
Info) Free system memory: 11424MB (96%)
Info) No CUDA accelerator devices available.
Xlib:  extension "Generic Event Extension" missing on display "localhost:10.0".
ERROR) A TrueColor visual is required, but not available.
ERROR) The X server is not capable of displaying double-buffered,
ERROR) RGB images with a Z buffer.   Exiting ...
Info) VMD for LINUXAMD64, version 1.8.7 (August 1, 2009)
Info) Unable to create OpenGL window.



然后我用putty，将x11设置为on，输入xclock &，也出现了系统的钟，但是输入vmd，和x-win32显示的一样,不知能否帮忙解决一下！谢谢！

[ Last edited by vincentye on 2010-2-23 at 19:03 ]
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125楼2010-02-23 18:51:50
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fantastic

银虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
不知道楼主有没有用NAMD的FEP或者TI计算过
我看了那个教程，还是不知道那个FEP文件怎么准备？按照教程上面说的做，但是用alchemify处理时，显示还是没有始态与终态？


另外一个问题，我用预编译的NAMD，想要在单机多核的机器上面并行，我按照user's guide，写成：charmrun namd2 ++local +p2 *.conf > *.out 或者去掉++local 都不行！前者显示进程杀死，不能启动namd2 后者显示不能连接。不知道是什么原因？
谢谢楼主！
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126楼2010-03-07 10:34:14
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+5):谢谢 2010-03-07 11:55
1 FEP计算方法参考
Research of Calculation and Simulation, 2010,Vol. 1,No.1,Page22-26.
注意不要到google 学术上去搜索

2 不知道你做什么体系, 关于alchemify
计算体系有两种
a 不涉及共价键断裂,如水中加一个甲烷
b 涉及共价键断裂,如氨基酸突变,改变的部分同不变的部分有bond相连.
无论在ug还是tutorial中都是分开来讨论的.那个alchemify 只是针对后者的工具

两种情况在namd 的算法上没有区别, 只是在建psf 时候, 后者需要注意几个问题, 那个alchemify 就是为了这个才做的. 前者的例子不需要alchemify, 就像平时那样就可以了,当原子消失时候,那些键/角/二面角会自然消失.后者经alchemify 处理,得到特殊的psf 文件,当一个基团还未消失,另一个已经出现时候,连在Ca上的五根 bonds 的相互关系不会出错.

3 关于运行
不清楚你的系统环境, 也不知道具体的报错信息
开启rsh服务进程, 设置无密码登陆
用带local的方法
把namd2 写成绝对路径
不行再发问,写清楚linux版本,环境设置和详细的保存信息
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127楼2010-03-07 11:23:39
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fantastic

银虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-03-07 11:23:39:
1 FEP计算方法参考
Research of Calculation and Simulation, 2010,Vol. 1,No.1,Page22-26.
注意不要到google 学术上去搜索

2 不知道你做什么体系, 关于alchemify
计算体系有两种
a 不涉及共价键断裂,如水 ...

谢谢楼主的回复！关键是我用的文件都是教程里面的文件，我是按照教程来做的，还报错，就不明白那个fep文件了！
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128楼2010-03-07 22:31:26
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-08 11:43
引用回帖:
Originally posted by fantastic at 2010-03-07 22:31:26:
谢谢楼主的回复！关键是我用的文件都是教程里面的文件，我是按照教程来做的，还报错，就不明白那个fep文件了！

不要一上来就看tutorial, user's guide 才是基础
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129楼2010-03-08 09:51:51
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fantastic

银虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-03-08 09:51:51:

不要一上来就看tutorial, user's guide 才是基础

好的，谢谢斑竹啊！一定看！
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130楼2010-03-09 18:28:15
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