应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
21113/22返回列表首页上一页111213141516下一页末页
查看: 11925  |  回复: 210
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

fantastic

银虫 (著名写手)
想要请问一下楼主，如果我要跑小分子与蛋白的体系，gmx有一个web sever可以用，用NAMD的话，那小分子的拓扑文件又该如何准备呢？谢谢！
赞一下 回复此楼
121楼2010-01-28 17:05:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-01-29 10:04
lei0736(金币+20):应wanlichuan要求转移给你 感谢你赠送邀请码 2010-02-06 10:07
namd用psfgen生成psf文件。参考
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.7b2/ug/node16.html
赞一下(2人) 回复此楼
122楼2010-01-28 17:15:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
想请问一下，当处理分子中带有杂原子的时候，比如FAD,或是金属原子的时候，它们的参数如何获得呢？看到VMD中有PARATOOL可以建立缺失原子类型的常数，但是在用的时候总出错，想问下楼主知道PARATOOL可以处理以上两种类型的物质吗？如果不可以的话，有没有其它的方法获得这些物质的CHARMM力场常数？谢谢指教
赞一下(1人) 回复此楼
123楼2010-02-10 13:36:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4):谢谢 2010-02-13 10:45
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-02-10 13:36:23:
想请问一下，当处理分子中带有杂原子的时候，比如FAD,或是金属原子的时候，它们的参数如何获得呢？看到VMD中有PARATOOL可以建立缺失原子类型的常数，但是在用的时候总出错，想问下楼主知道PARATOOL可以处理以上两 ...

charmm力场可以处理有机小分子,但大部分没有现成的参数,水合离子除Na,K,Mg,Ca,Zn,Ce,Cl外也没有,需要自己制作,制作方法参考http://www.mdbbs.org/thread-16875-1-1.html

可以以两种方法加入namd计算,如果力场参数形式可以被charmm接受,则可以加到相应par文件里面;如果需要特殊的函数形式,则可以用tclForce，tclBC或External Program Forces等处理,但这类原子数目太多会影响计算速度.

[ Last edited by bay__gulf on 2010-2-10 at 20:29 ]
赞一下(1人) 回复此楼
124楼2010-02-10 20:28:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vincentye

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
楼主，我在windows下使用x-win32 9.1 远程连接ubuntu9.04，上面装有vmd

我按照vmd官网上的说明，对x-win32进行了设置，说明如下

Using the VMD GUI on Windows
To get the graphical user interfaces for VMD on Windows using XWin-32 and putty may require an additional step to get the OpenGL library (compared to the usual procedure to get an X-Window).

Right click on the XWin-32 button and go the Xconfig. Open the Other tab. Depending on the version of X-Win32, check the box labeled OpenGL Software Rendering .. or the box labeled GLX Buffering. Then restart X-Win32.

As usual when using putty, go to the ssh tab, and make sure X11 tunneling is "on". On some versions of putty, this is under "tunneling". This allows you to get an X-Window on the HPC VCL image. You can check whether you can get a X-Window by typing:

xclock &
at the command line.



出现以下结果


ye@xjning:~$ vmd
rlwrap: Command not found.
Info) VMD for LINUXAMD64, version 1.8.7 (August 1, 2009)
Info) http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
Info) Email questions and bug reports to vmd@ks.uiuc.edu
Info) Please include this reference in published work using VMD:
Info)    Humphrey, W., Dalke, A. and Schulten, K., `VMD - Visual
Info)    Molecular Dynamics', J. Molec. Graphics 1996, 14.1, 33-38.
Info) -------------------------------------------------------------
Info) Multithreading available, 8 CPUs detected.
Info) Free system memory: 11424MB (96%)
Info) No CUDA accelerator devices available.
Xlib:  extension "Generic Event Extension" missing on display "localhost:10.0".
ERROR) A TrueColor visual is required, but not available.
ERROR) The X server is not capable of displaying double-buffered,
ERROR) RGB images with a Z buffer.   Exiting ...
Info) VMD for LINUXAMD64, version 1.8.7 (August 1, 2009)
Info) Unable to create OpenGL window.



然后我用putty，将x11设置为on，输入xclock &，也出现了系统的钟，但是输入vmd，和x-win32显示的一样,不知能否帮忙解决一下！谢谢！

[ Last edited by vincentye on 2010-2-23 at 19:03 ]
赞一下(1人) 回复此楼
125楼2010-02-23 18:51:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fantastic

银虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
不知道楼主有没有用NAMD的FEP或者TI计算过
我看了那个教程，还是不知道那个FEP文件怎么准备？按照教程上面说的做，但是用alchemify处理时，显示还是没有始态与终态？


另外一个问题，我用预编译的NAMD，想要在单机多核的机器上面并行，我按照user's guide，写成：charmrun namd2 ++local +p2 *.conf > *.out 或者去掉++local 都不行！前者显示进程杀死，不能启动namd2 后者显示不能连接。不知道是什么原因？
谢谢楼主！
赞一下(1人) 回复此楼
126楼2010-03-07 10:34:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+5):谢谢 2010-03-07 11:55
1 FEP计算方法参考
Research of Calculation and Simulation, 2010,Vol. 1,No.1,Page22-26.
注意不要到google 学术上去搜索

2 不知道你做什么体系, 关于alchemify
计算体系有两种
a 不涉及共价键断裂,如水中加一个甲烷
b 涉及共价键断裂,如氨基酸突变,改变的部分同不变的部分有bond相连.
无论在ug还是tutorial中都是分开来讨论的.那个alchemify 只是针对后者的工具

两种情况在namd 的算法上没有区别, 只是在建psf 时候, 后者需要注意几个问题, 那个alchemify 就是为了这个才做的. 前者的例子不需要alchemify, 就像平时那样就可以了,当原子消失时候,那些键/角/二面角会自然消失.后者经alchemify 处理,得到特殊的psf 文件,当一个基团还未消失,另一个已经出现时候,连在Ca上的五根 bonds 的相互关系不会出错.

3 关于运行
不清楚你的系统环境, 也不知道具体的报错信息
开启rsh服务进程, 设置无密码登陆
用带local的方法
把namd2 写成绝对路径
不行再发问,写清楚linux版本,环境设置和详细的保存信息
赞一下(1人) 回复此楼
127楼2010-03-07 11:23:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fantastic

银虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-03-07 11:23:39:
1 FEP计算方法参考
Research of Calculation and Simulation, 2010,Vol. 1,No.1,Page22-26.
注意不要到google 学术上去搜索

2 不知道你做什么体系, 关于alchemify
计算体系有两种
a 不涉及共价键断裂,如水 ...

谢谢楼主的回复！关键是我用的文件都是教程里面的文件，我是按照教程来做的，还报错，就不明白那个fep文件了！
赞一下(1人) 回复此楼
128楼2010-03-07 22:31:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-08 11:43
引用回帖:
Originally posted by fantastic at 2010-03-07 22:31:26:
谢谢楼主的回复！关键是我用的文件都是教程里面的文件，我是按照教程来做的，还报错，就不明白那个fep文件了！

不要一上来就看tutorial, user's guide 才是基础
赞一下(1人) 回复此楼
129楼2010-03-08 09:51:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fantastic

银虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-03-08 09:51:51:

不要一上来就看tutorial, user's guide 才是基础

好的，谢谢斑竹啊！一定看！
赞一下(1人) 回复此楼
130楼2010-03-09 18:28:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 bay__gulf 的主题更新
21113/22返回列表首页上一页111213141516下一页末页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 282求调剂 +7 aaa车辆 2026-04-02 11/550 2026-04-05 17:24 by yulian1987
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +4 崔wj 2026-04-04 5/250 2026-04-05 14:06 by imissbao
[考研] 323分（计算机视觉和大模型项目）能直接上手 +3 chaoxiicy 2026-04-01 3/150 2026-04-05 00:50 by chongya
[考研] 材料工程085601数二英一335求调剂 +6 双马尾痞老板2 2026-03-31 6/300 2026-04-04 22:29 by hemengdong
[考研] 323求调剂 +8 李佳乐1 2026-04-04 8/400 2026-04-04 22:26 by hemengdong
[考研] 278求调剂 +14 范婷娜 2026-04-04 15/750 2026-04-04 22:15 by lqwchd
[考研] 291求调剂 +4 迷蒙木木 2026-04-01 5/250 2026-04-04 15:59 by sihailian3
[考研] 一志愿085404，总分291，四级已过，求调剂 +5 阿俊阿俊阿俊 2026-04-04 7/350 2026-04-04 13:23 by 莲菜就是藕吧
[考研] 求调剂 +3 农业工程与信息� 2026-04-04 3/150 2026-04-04 12:19 by 舍而后得
[考研] 调剂0855-288 +5 x熊二a 2026-04-03 5/250 2026-04-04 00:19 by 猪会飞
[考研] 338求调剂 +7 晟功? 2026-04-03 7/350 2026-04-03 16:46 by wxiongid
[考研] 工科341分调剂 +3 洛多罗 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:20 by 1753564080
[硕博家园] 求老师收留 +9 lllq123 2026-04-03 9/450 2026-04-03 13:48 by 呼吸都是减肥
[考研] 抱歉 +5 田洪有 2026-03-30 5/250 2026-04-03 10:24 by linyelide
[考研] 求调剂 302分初试 0854 +5 伶可乐 2026-04-02 5/250 2026-04-02 17:53 by 笔落锦州
[考研] 一志愿上海海洋大学083200食品学硕，求调剂，接受其他专业 +6 what张 2026-04-01 7/350 2026-04-02 16:48 by zzsw+
[考研] 08开头看过来！！！ +4 wwwwffffff 2026-03-31 6/300 2026-04-02 11:42 by 均值回归
[考研] 07生物学求调剂 一志愿同济大学359分 +3 LAMC. 2026-03-30 3/150 2026-04-02 10:26 by 18828373951
[考研] 296求调剂 +4 汪！？！ 2026-03-31 7/350 2026-04-01 22:04 by 客尔美德
[考研] 材料调剂 +10 Eujd1 2026-03-31 11/550 2026-04-01 11:23 by ivanqyq
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭