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bay__gulf金虫 (著名写手)
刘苏州
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bay__gulf
金虫 (著名写手)
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lei0736(金币+5):谢谢 2010-03-07 11:55
lei0736(金币+5):谢谢 2010-03-07 11:55
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1 FEP计算方法参考 Research of Calculation and Simulation, 2010,Vol. 1,No.1,Page22-26. 注意不要到google 学术上去搜索 2 不知道你做什么体系, 关于alchemify 计算体系有两种 a 不涉及共价键断裂,如水中加一个甲烷 b 涉及共价键断裂,如氨基酸突变,改变的部分同不变的部分有bond相连. 无论在ug还是tutorial中都是分开来讨论的.那个alchemify 只是针对后者的工具 两种情况在namd 的算法上没有区别, 只是在建psf 时候, 后者需要注意几个问题, 那个alchemify 就是为了这个才做的. 前者的例子不需要alchemify, 就像平时那样就可以了,当原子消失时候,那些键/角/二面角会自然消失.后者经alchemify 处理,得到特殊的psf 文件,当一个基团还未消失,另一个已经出现时候,连在Ca上的五根 bonds 的相互关系不会出错. 3 关于运行 不清楚你的系统环境, 也不知道具体的报错信息 开启rsh服务进程, 设置无密码登陆 用带local的方法 把namd2 写成绝对路径 不行再发问,写清楚linux版本,环境设置和详细的保存信息 |
127楼2010-03-07 11:23:39
2楼2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
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【回2楼】 可以，比如下面这篇文献 Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3楼2009-05-02 13:13:06
4楼2009-05-02 13:45:28
