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bay__gulf金虫 (著名写手)
刘苏州
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bay__gulf
金虫 (著名写手)
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lei0736(金币+4):谢谢 2010-02-13 10:45
lei0736(金币+4):谢谢 2010-02-13 10:45
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charmm力场可以处理有机小分子,但大部分没有现成的参数,水合离子除Na,K,Mg,Ca,Zn,Ce,Cl外也没有,需要自己制作,制作方法参考http://www.mdbbs.org/thread-16875-1-1.html 可以以两种方法加入namd计算,如果力场参数形式可以被charmm接受,则可以加到相应par文件里面;如果需要特殊的函数形式,则可以用tclForce，tclBC或External Program Forces等处理,但这类原子数目太多会影响计算速度. [ Last edited by bay__gulf on 2010-2-10 at 20:29 ] |
124楼2010-02-10 20:28:43
2楼2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
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【回2楼】 可以，比如下面这篇文献 Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3楼2009-05-02 13:13:06
4楼2009-05-02 13:45:28
