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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
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jianchaoyv

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我的问题运行.conf时，提示：
------------- Processor 0 Exiting: Called CmiAbort ------------
Reason: FATAL ERROR: can't read "coorList(577)": no such element in array
    while executing
"lindex $coorList($i) 2"
    (procedure "calcforces" line 5)
    invoked from within
"calcforces"

Charm++ fatal error:
FATAL ERROR: can't read "coorList(577)": no such element in array
    while executing
"lindex $coorList($i) 2"
    (procedure "calcforces" line 5)
    invoked from within
"calcforces"


This application has requested the Runtime to terminate it in an unusual way.
Please contact the application's support team for more information.
怎样才能解决啊？
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111楼2009-11-18 16:36:27
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢答疑 11-18 21:16
引用回帖:
Originally posted by jianchaoyv at 2009-11-18 16:36:
我的问题运行.conf时，提示：
------------- Processor 0 Exiting: Called CmiAbort ------------
Reason: FATAL ERROR: can't read "coorList(577)": no such element in array
    while executin ...

你好
不是我不认真回复,
实在是这个问题涉及namd 的高级用法, 不是一两句话能说明白的.
我的建议是你从头开始一步一步学习namd, 有一定基础之后自然会明白.
科研道路没有捷径, 知识也只能靠自己去学, 毕竟MD 不是play game.

你是女生吧, 你留个QQ, 我给你开个单线.
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112楼2009-11-18 17:37:36
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jianchaoyv

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
谢谢楼上的！我的QQ：526068505
版主，怎么不加我啊！！

[ Last edited by jianchaoyv on 2009-11-24 at 11:37 ]
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113楼2009-11-24 10:37:17
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arthurii

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
VMD选中surface的指令是不是需要再pdb文件里面先进行部分定义？
我在VMD上直接选我核算结构的surface选不上，然后识别亲水和疏水性，结果hydrophobic选不上东西，not hydrophobic或者polar就全部都选上。我用DS算了我做的核酸的SASA，亲水疏水大概是3：7的。但是DS里面核酸和小分复合物算不出来。
请教，由于hydrophobic和surface的选择，这个是根据什么定义的？
在VMD答疑上看到有人也算了核酸的，但是没有说是怎样选上极性和非极性部分的
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/vmd-l/13738.html
谢谢！

[ Last edited by arthurii on 2009-12-6 at 11:28 ]
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114楼2009-12-06 09:47:50
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 12-12 11:35
buried   : resname ALA LEU VAL ILE PHE CYS MET TRP
surface : protein and not buried

hydrophobic : resname ALA LEU VAL ILE PRO PHE MET TRP
polor             : protein and not hydrophobic
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115楼2009-12-06 11:44:56
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arthurii

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-12-6 11:44:
buried   : resname ALA LEU VAL ILE PHE CYS MET TRP
surface : protein and not buried

hydrophobic : resname ALA LEU VAL ILE PRO PHE MET TRP
polor             : protein and not hydrophobic

依照这个规定，那假设对象是核酸还有小分子的话，就需要另外自行定义polar和non polar了吧？
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116楼2009-12-06 14:03:11
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-12 11:35
引用回帖:
Originally posted by arthurii at 2009-12-6 14:03:
依照这个规定，那假设对象是核酸还有小分子的话，就需要另外自行定义polar和non polar了吧？

用别的方法定义吧, 比如resid
不要用surface, polor 了, 这个不适合核酸.
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117楼2009-12-06 20:49:50
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arthurii

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-12-6 20:49:

用别的方法定义吧, 比如resid
不要用surface, polor 了, 这个不适合核酸.

核酸的估计用resid也不行，空间暴露的太多，resid精确性太低。
估计得查查文献，看看具体原子，用name了。
谢谢指导！
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118楼2009-12-06 23:17:57
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Joannaouc

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我想编写一个计算自扩散系数的脚本，能给推荐一个入门的例子或者教程吗？
谢谢！

谢谢120楼~~

[ Last edited by Joannaouc on 2009-12-10 at 09:13 ]
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119楼2009-12-09 15:21:55
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+5,VIP+0):感谢分享 12-12 11:36
自己用的, 略作修改
将就看吧
CODE:
set numFrame [molinfo top get numframes]

for { set dt 1 } { $dt < $numFrame/2 } { incr dt } {
  set r2 0
  for { set fr0 1 } { $fr0 < $numFrame/2 } { incr fr0 } {
    set sel [atomselect top "water and name OH2 frame $fr0]
      foreach wti [$sel get index] {
         set wt0 [atomselect top "index $index" frame $fr0]
         set wtt [atomselect top "index $index" frame [expr $fr0 + $dt]]
         set cd0 [measure center $wt0]
         set cdt [measure center $wtt]
         set dr [veclength [vecsub $cdt $cd0] ]
         set r2 [expr $r2 + $dr*$dr]
         $wt0 delete
         $wtt delete
      }
      $sel delete
  }
  set dr2 [expr $r2/$n]
  puts "$n $dt\t$dr2"
}

[ Last edited by bay__gulf on 2009-12-9 at 17:46 ]
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120楼2009-12-09 17:37:16
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