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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

[交流] 【在线答疑】关于NAMD/VMD 已有27人参与

看到这个板块的在线答疑方式办得很好，这里也尽自己的薄力给大家一些关于NAMD/VMD 原理及使用方面的帮助。

本帖旨在邀请各位朋友集中提问和回答NAMD/VMD的问题，欢迎每个虫子参与提问与回答。我将尽可能的抽出时间来尽我所能回答该帖相关问题。
注意：
1. 请回答问题的虫子勿必回帖时注明：【回复__楼】；
2. 提问的虫子们得到答案后应该重新编辑自己的提问帖，在下面附上：【已解决，答案见__楼】


namd/vmd 官网上的一些好东西，一个免费软件提供的服务比收费软件还要全面。
这里列几个，不保证全。有些链接很深，需要仔细点找。

http://www.ks.uiuc.edu/      首页
http://www.ks.uiuc.edu/Highlights/index.cgi    一些亮点文章 ，可以索要，但不如看看网页的介绍
http://www.ks.uiuc.edu/Research/Categories/   一些分类算例
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/  VMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/docs.html   vmd文档，里面的链接最好都看看
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/                  VMD Plugin Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/         VMD Script Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/            VMD-L Mailing List
   http://biocore.ks.uiuc.edu/bioco ... ips/tclscripts.html     一些脚本，或许对你有用
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/    NAMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/wiki/                    NamdWiki
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/mailing_list/        NAMD Mailing List
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/documentation.html    NAMD Documentation，推荐看一下NAMD 1.5 Programmer's Guide ，我还没有看，谁看完了讲一下。
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/announcements.html   NAMD Announcements
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/                                                Training
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/CaseStudies/index.html           Case Studies
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/                Tutorials，那些pdf 和代码，常更新。就是说本来对你有用的可能下个月就找不到了

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 18:04 ]
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1楼 2009-05-02 11:11:38
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arthurii

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请问NAMD 2.7在windows下有什么办法可以并行运算吗？？
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66楼2009-09-04 16:17:14
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arthurii

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
跑DNA的动力学，含小配体分子和几个钾离子，请教该用哪个力场文件识别？
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77楼2009-09-11 17:18:41
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arthurii

木虫 (正式写手)
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引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-9-11 17:30:
钾离子在top/par_all27_na 中就有，resi 名称POT
不清楚具体是什么配体，你到stream 文件夹中找找看，
没有的话，可以用
http://www.mdbbs.org/thread-16875-1-1.html
的方法自己构造或是换用am ...

非常感谢，问下，parameter tool除了NAMD网页上给出的那一页说明外有没有其他操作说明书?我找很久都没找到，不知道是没有，还是我英语不好看不出来……
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80楼2009-09-18 20:46:19
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arthurii

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-9-20 10:24:
我整理了一份paratool 的中文指南，在http://www.mdbbs.org/thread-16875-1-1.html 的第21-23楼

万分感谢！！
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83楼2009-09-22 21:57:59
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arthurii

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请教，NAMD跑完动力学，怎么算平均结构？还有用VMD算的SASA面积要求录入的那个参数是什么来的？看user guide不是很明白，怎么可以分别算极性和非极性的部分？
谢谢
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88楼2009-09-26 09:12:32
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arthurii

木虫 (正式写手)
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引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-9-26 10:16:
measure avpos 和measure sasa可以分别完成你的要求
参考ug107和109页，很清楚的。
我在这里再怎么表述也不会比ug更清楚。
atomselect 中有一个keyword:polar，不知道能否判断极性。

Thank you very much. 版主动作真快，辛苦了
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90楼2009-09-26 14:55:47
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arthurii

木虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢提意见 等高斯和分子模拟分离后可能会设这个版块 欢迎兄弟常来 10-13 14:26
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-9-26 15:34:


偶尔碰到就解答了，提到的ug 是1.8.7版本的。
我在mdbbs上是namd和vmd版的版主，在这里只是负责这一个帖子，不是版主。
现在也没有篡位的打算。

mdbbs上看惯了……忘记这边不是了，这边NAMD没专区，哎
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94楼2009-09-29 17:36:42
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arthurii

木虫 (正式写手)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
用网上下的top_all27_na.rtf生成DNA的结构文件，看到那块PRES DEO2，以为是自动脱氧了，结果昨完才发现核酸没脱氧。然后加了patch的指令，又识别不了chain编号了。请教下面的代码中有些什么问题？我之前做了一次修改参数，自己加patch的那个tutorial，也是这样子的，但是那时候却可以……请不吝赐教

psf生成脚本：
segment G4 {
pdb g4-pro.pdb}
patch DEO2 G4:X
coordpdb g4-pro.pdb G4
guesscoord
writepsf g4.psf
writepdb g4.pdb

VMD错误信息：
aliasing residue THY atom H73 to H53
building segment G4
reading residues from pdb file g4-pro.pdb
extracted 28 residues from pdb file
Info: generating structure...
Info: skipping conformation O3'-O5'-P-O2P at beginning of segment.
Info: skipping conformation O3'-O5'-P-O1P at beginning of segment.
Info: skipping conformation O3'-P-O5'-C5' at beginning of segment.
ERROR: Missing atoms for bond O3'(0) P(1) in residue GUA:24
Info: segment complete.
applying patch DEO2 to 1 residues
no residue X of segment G4
ERROR: failed to apply patch
MOLECULE DESTROYED BY FATAL ERROR!  Use resetpsf to start over.

需要上传文件的话也行，不过上传论坛下载要扣BB……求助要别人出BB不太好，要的话我传上网盘
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95楼2009-10-11 12:08:06
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arthurii

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
VMD选中surface的指令是不是需要再pdb文件里面先进行部分定义？
我在VMD上直接选我核算结构的surface选不上，然后识别亲水和疏水性，结果hydrophobic选不上东西，not hydrophobic或者polar就全部都选上。我用DS算了我做的核酸的SASA，亲水疏水大概是3：7的。但是DS里面核酸和小分复合物算不出来。
请教，由于hydrophobic和surface的选择，这个是根据什么定义的？
在VMD答疑上看到有人也算了核酸的，但是没有说是怎样选上极性和非极性部分的
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/vmd-l/13738.html
谢谢！

[ Last edited by arthurii on 2009-12-6 at 11:28 ]
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114楼2009-12-06 09:47:50
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arthurii

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-12-6 11:44:
buried   : resname ALA LEU VAL ILE PHE CYS MET TRP
surface : protein and not buried

hydrophobic : resname ALA LEU VAL ILE PRO PHE MET TRP
polor             : protein and not hydrophobic

依照这个规定，那假设对象是核酸还有小分子的话，就需要另外自行定义polar和non polar了吧？
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116楼2009-12-06 14:03:11
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