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bay__gulf金虫 (著名写手)
刘苏州
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arthurii
木虫 (正式写手)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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用网上下的top_all27_na.rtf生成DNA的结构文件，看到那块PRES DEO2，以为是自动脱氧了，结果昨完才发现核酸没脱氧。然后加了patch的指令，又识别不了chain编号了。请教下面的代码中有些什么问题？我之前做了一次修改参数，自己加patch的那个tutorial，也是这样子的，但是那时候却可以……请不吝赐教 psf生成脚本： segment G4 { pdb g4-pro.pdb} patch DEO2 G4:X coordpdb g4-pro.pdb G4 guesscoord writepsf g4.psf writepdb g4.pdb VMD错误信息： aliasing residue THY atom H73 to H53 building segment G4 reading residues from pdb file g4-pro.pdb extracted 28 residues from pdb file Info: generating structure... Info: skipping conformation O3'-O5'-P-O2P at beginning of segment. Info: skipping conformation O3'-O5'-P-O1P at beginning of segment. Info: skipping conformation O3'-P-O5'-C5' at beginning of segment. ERROR: Missing atoms for bond O3'(0) P(1) in residue GUA:24 Info: segment complete. applying patch DEO2 to 1 residues no residue X of segment G4 ERROR: failed to apply patch MOLECULE DESTROYED BY FATAL ERROR! Use resetpsf to start over. 需要上传文件的话也行，不过上传论坛下载要扣BB……求助要别人出BB不太好，要的话我传上网盘 |
95楼2009-10-11 12:08:06
2楼2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
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【回2楼】 可以，比如下面这篇文献 Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3楼2009-05-02 13:13:06
4楼2009-05-02 13:45:28
