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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
gwdavid(金币+3,VIP+0):谢谢 9-29 16:07
引用回帖:
Originally posted by arthurii at 2009-9-26 14:55:

Thank you very much. 版主动作真快，辛苦了

偶尔碰到就解答了，提到的ug 是1.8.7版本的。
我在mdbbs上是namd和vmd版的版主，在这里只是负责这一个帖子，不是版主。
现在也没有篡位的打算。
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91楼2009-09-26 15:34:25
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
兄弟，这问题困扰我好久了，不知是否能指点一下：

问题如下：

【目的】利用分子动力学模拟计算蛋白-配体复合物的结合自由能

【方法】使用LIE方法计算结合自由能，利用GROMACS进行分子动力学采样，为得到较好的结果，使用全原子力场OPSL/AA（问题就出在这个力场上）

【结果】使用LIE方法需要进行一步对ligand在水溶液中的单独模拟。而这需要有ligand的基于OPLSAA力场的TOP文件，传说中的 PRODRG仅能生成基于GROMOS87的联合力场TOP文件。用过现存的可以自动产生OPLS力场TOP文件的工具MKtop，可是这只是一个 perl的文件，我运行之后产生的top文件，里边基本啥都没有。。。。5555555.。。。。

【结论】请兄弟指点一二！
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
92楼2009-09-29 16:29:41
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-13 14:26
回92
你好，我对gmx 不太熟悉，你的问题可以到
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1082439 中发帖
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93楼2009-09-29 16:44:13
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arthurii

木虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢提意见 等高斯和分子模拟分离后可能会设这个版块 欢迎兄弟常来 10-13 14:26
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-9-26 15:34:


偶尔碰到就解答了，提到的ug 是1.8.7版本的。
我在mdbbs上是namd和vmd版的版主，在这里只是负责这一个帖子，不是版主。
现在也没有篡位的打算。

mdbbs上看惯了……忘记这边不是了，这边NAMD没专区，哎
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94楼2009-09-29 17:36:42
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arthurii

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
用网上下的top_all27_na.rtf生成DNA的结构文件，看到那块PRES DEO2，以为是自动脱氧了，结果昨完才发现核酸没脱氧。然后加了patch的指令，又识别不了chain编号了。请教下面的代码中有些什么问题？我之前做了一次修改参数，自己加patch的那个tutorial，也是这样子的，但是那时候却可以……请不吝赐教

psf生成脚本：
segment G4 {
pdb g4-pro.pdb}
patch DEO2 G4:X
coordpdb g4-pro.pdb G4
guesscoord
writepsf g4.psf
writepdb g4.pdb

VMD错误信息：
aliasing residue THY atom H73 to H53
building segment G4
reading residues from pdb file g4-pro.pdb
extracted 28 residues from pdb file
Info: generating structure...
Info: skipping conformation O3'-O5'-P-O2P at beginning of segment.
Info: skipping conformation O3'-O5'-P-O1P at beginning of segment.
Info: skipping conformation O3'-P-O5'-C5' at beginning of segment.
ERROR: Missing atoms for bond O3'(0) P(1) in residue GUA:24
Info: segment complete.
applying patch DEO2 to 1 residues
no residue X of segment G4
ERROR: failed to apply patch
MOLECULE DESTROYED BY FATAL ERROR!  Use resetpsf to start over.

需要上传文件的话也行，不过上传论坛下载要扣BB……求助要别人出BB不太好，要的话我传上网盘
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95楼2009-10-11 12:08:06
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 10-13 14:27
ERROR: Missing atoms for bond O3'(0) P(1) in residue GUA:24
应该是个段位的核苷, 核糖上面的氧不是同下一个P相连而是同H或别的什么相连
需要对这个基团用patch 3TER ,可能是这个

no residue X of segment G4
这个错误出自patch DEO2 G4:X,
此处的X 是指残基在链上的序号,resid,一个整数

关于psfgen 中patch 的用法可以参考
http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=10227
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96楼2009-10-11 13:39:30
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chcwaaa

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你好！请教个问题。
我做了个简单的冰的融化，用的是NVT，但是最后得到的体积增大了，不知道是什么原因？ NAMD的结果文件里出现的volume和尺寸以及origin等都是与设置的一样。但我在VMD里，读入最后生成的coor文件，然后measure minmax $selection; vecsub {max}{min},得到的三个方向的尺寸与文件中设置的不同。
conf 文件如下：
#############################################################
## JOB DESCRIPTION                                         ##
#############################################################

# Minimization and Equilibration of
#  a glucose water Box


#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
#############################################################

structure          ice-192-2.2.4.psf
coordinates        ice-192-2.2.4.pdb

set temperature    300
set pressure       1.01325
set outputname     ice-192-2.2.4-water

firsttimestep      0


#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
#############################################################

# Input
paraTypeCharmm            on
parameters          ../par_all36_carb.prm
#set velocities
seed                12345678
temperature         $temperature


# Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff              14
switching           on
switchdist          12.
pairlistdist        16.
margin              0
splitPatch          hydrogen
#Atoms outside pairlistdist will stay outside cutoff for 10 steps
stepspercycle       10


# Integrator Parameters
timestep            2.0  ;# 2fs/step
#相当于LAMMPS里面的fix shake,如果useSettle on,不用shake
rigidBonds          all  ;# needed for 2fs steps
rigidIterations     50
rigidTolerance      1e-8
useSettle           off
nonbondedFreq       1
fullElectFrequency  2  
  


# Constant Temperature Control
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     5     ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    off    ;# don't couple langevin bath to hydrogens


# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1    34.81999969482422 0.   0.
cellBasisVector2     0.    27.8439998626709 0.
cellBasisVector3     0.    0   90.89199829101563
cellOrigin         17.41010856628418 13.92199993133545 45.4456672668457

wrapAll             on

# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                 yes
PMETolerance        1e-6
PMEGridSizeX        128
PMEGridSizeY        128
PMEGridSizeZ        128


# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure      yes ;# needed for rigidBonds

# Output
outputName          $outputname
binaryoutput        no
binaryrestart       no
restartfreq         500     ;# 500steps = every 1ps
dcdfreq             250
velDCDFreq          1000
xstFreq             250
outputEnergies      100
outputPressure      100


#############################################################
## EXTRA PARAMETERS                                        ##
#############################################################


#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                        ##
#############################################################


# Minimization
minimize            1000
reinitvels          $temperature
run 300000 ;# 1ns


最初的PDB文件和最后的结果文件COOR，在压缩包里。
如果你能抽时间看下，非常感谢！
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97楼2009-10-25 20:59:21
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 11-3 20:59
你做的完全正确
wrapAll 可以把跑出盒子的分子从另一端进入, 使得整个体系都在一个盒子中.
但为了分子的完整, 这个功能针对的是分子的中心而不是单个原子.
你也应该注意到,模拟完成后所有的水分子都是完整的,没有一个跨越了PBC.

measure minmax 测量的是体系中最大和最小的坐标,
如果某个原子超出PBC, 但整个分子中心还在PBC里面, 那这个超出PBC的值可能会赋给minmax(也可能是更外侧的), 所以你的结果应该比盒子中的略大些, 体积计算用xst 文件的数据.

[ Last edited by bay__gulf on 2009-10-25 at 22:09 ]
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98楼2009-10-25 21:48:49
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chcwaaa

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
非常感谢! 楼主好人啊,昨天加附件的时候忘记了,看附件要金币的^^^^^
但为了分子的完整, 这个功能针对的是分子的中心而不是单个原子.
这个中心是质量中心吗?
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99楼2009-10-26 09:18:03
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 11-3 20:59
可能是吧, 没有测试过,
ug 上面也是只说part of a molecule
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100楼2009-10-26 09:46:33
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