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bay__gulf金虫 (著名写手)
刘苏州
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【在线答疑】关于NAMD/VMD 已有27人参与
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chcwaaa
木虫 (正式写手)
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你好！请教个问题。 我做了个简单的冰的融化，用的是NVT，但是最后得到的体积增大了，不知道是什么原因？ NAMD的结果文件里出现的volume和尺寸以及origin等都是与设置的一样。但我在VMD里，读入最后生成的coor文件，然后measure minmax $selection; vecsub {max}{min},得到的三个方向的尺寸与文件中设置的不同。 conf 文件如下： ############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Minimization and Equilibration of # a glucose water Box ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure ice-192-2.2.4.psf coordinates ice-192-2.2.4.pdb set temperature 300 set pressure 1.01325 set outputname ice-192-2.2.4-water firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters ../par_all36_carb.prm #set velocities seed 12345678 temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 14 switching on switchdist 12. pairlistdist 16. margin 0 splitPatch hydrogen #Atoms outside pairlistdist will stay outside cutoff for 10 steps stepspercycle 10 # Integrator Parameters timestep 2.0 ;# 2fs/step #相当于LAMMPS里面的fix shake,如果useSettle on,不用shake rigidBonds all ;# needed for 2fs steps rigidIterations 50 rigidTolerance 1e-8 useSettle off nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 34.81999969482422 0. 0. cellBasisVector2 0. 27.8439998626709 0. cellBasisVector3 0. 0 90.89199829101563 cellOrigin 17.41010856628418 13.92199993133545 45.4456672668457 wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMETolerance 1e-6 PMEGridSizeX 128 PMEGridSizeY 128 PMEGridSizeZ 128 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds # Output outputName $outputname binaryoutput no binaryrestart no restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 250 velDCDFreq 1000 xstFreq 250 outputEnergies 100 outputPressure 100 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization minimize 1000 reinitvels $temperature run 300000 ;# 1ns 最初的PDB文件和最后的结果文件COOR，在压缩包里。 如果你能抽时间看下，非常感谢！ |
97楼2009-10-25 20:59:21
2楼2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
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【回2楼】 可以，比如下面这篇文献 Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3楼2009-05-02 13:13:06
4楼2009-05-02 13:45:28
