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bay__gulf金虫 (著名写手)
刘苏州
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gwdavid
木虫 (著名写手)
小木虫散兵坑坑长
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兄弟，这问题困扰我好久了，不知是否能指点一下： 问题如下： 【目的】利用分子动力学模拟计算蛋白-配体复合物的结合自由能 【方法】使用LIE方法计算结合自由能，利用GROMACS进行分子动力学采样，为得到较好的结果，使用全原子力场OPSL/AA（问题就出在这个力场上） 【结果】使用LIE方法需要进行一步对ligand在水溶液中的单独模拟。而这需要有ligand的基于OPLSAA力场的TOP文件，传说中的 PRODRG仅能生成基于GROMOS87的联合力场TOP文件。用过现存的可以自动产生OPLS力场TOP文件的工具MKtop，可是这只是一个 perl的文件，我运行之后产生的top文件，里边基本啥都没有。。。。5555555.。。。。 【结论】请兄弟指点一二！ |
92楼2009-09-29 16:29:41
2楼2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
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【回2楼】 可以，比如下面这篇文献 Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3楼2009-05-02 13:13:06
4楼2009-05-02 13:45:28
