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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

模拟EPI: 8
应助: 9 (幼儿园)
贵宾: 4.85
金币: 2332.8
红花: 1
帖子: 1344
在线: 271小时
虫号: 592012
注册: 2008-09-03
专业: 理论和计算化学
管辖: 分子模拟

[交流] 【在线答疑】关于NAMD/VMD 已有27人参与

看到这个板块的在线答疑方式办得很好，这里也尽自己的薄力给大家一些关于NAMD/VMD 原理及使用方面的帮助。

本帖旨在邀请各位朋友集中提问和回答NAMD/VMD的问题，欢迎每个虫子参与提问与回答。我将尽可能的抽出时间来尽我所能回答该帖相关问题。
注意：
1. 请回答问题的虫子勿必回帖时注明：【回复__楼】；
2. 提问的虫子们得到答案后应该重新编辑自己的提问帖，在下面附上：【已解决，答案见__楼】

namd/vmd 官网上的一些好东西，一个免费软件提供的服务比收费软件还要全面。
这里列几个，不保证全。有些链接很深，需要仔细点找。

http://www.ks.uiuc.edu/    首页
http://www.ks.uiuc.edu/Highlights/index.cgi 一些亮点文章，可以索要，但不如看看网页的介绍
http://www.ks.uiuc.edu/Research/Categories/ 一些分类算例
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/  VMD
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/docs.html vmd文档，里面的链接最好都看看
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/                VMD Plugin Library
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/       VMD Script Library
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/          VMD-L Mailing List
http://biocore.ks.uiuc.edu/bioco ... ips/tclscripts.html    一些脚本，或许对你有用
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ NAMD
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/wiki/                   NamdWiki
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/mailing_list/       NAMD Mailing List
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/documentation.html NAMD Documentation，推荐看一下NAMD 1.5 Programmer's Guide ，我还没有看，谁看完了讲一下。
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/announcements.html NAMD Announcements
http://www.ks.uiuc.edu/Training/                                              Training
http://www.ks.uiuc.edu/Training/CaseStudies/index.html          Case Studies
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/             Tutorials，那些pdf 和代码，常更新。就是说本来对你有用的可能下个月就找不到了

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 18:04 ]

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1楼 2009-05-02 11:11:38

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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

应助: 0 (幼儿园)
贵宾: 0.522
金币: 4097.7
散金: 1548
红花: 57
帖子: 1768
在线: 151.2小时
虫号: 514002
注册: 2008-02-28
性别: GG
专业: 生化分析及生物传感

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

兄弟，这问题困扰我好久了，不知是否能指点一下：

问题如下：

【目的】利用分子动力学模拟计算蛋白-配体复合物的结合自由能

【方法】使用LIE方法计算结合自由能，利用GROMACS进行分子动力学采样，为得到较好的结果，使用全原子力场OPSL/AA（问题就出在这个力场上）

【结果】使用LIE方法需要进行一步对ligand在水溶液中的单独模拟。而这需要有ligand的基于OPLSAA力场的TOP文件，传说中的 PRODRG仅能生成基于GROMOS87的联合力场TOP文件。用过现存的可以自动产生OPLS力场TOP文件的工具MKtop，可是这只是一个 perl的文件，我运行之后产生的top文件，里边基本啥都没有。。。。5555555.。。。。

【结论】请兄弟指点一二！

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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]

92楼2009-09-29 16:29:41

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