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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
gwdavid(金币+3,VIP+0):谢谢 9-15 21:37
【回70】
替换后就对了，
再到src 目录中，执行make install 就能安装了
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71楼2009-09-05 19:01:32
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hnuzhoulin

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
将您前面的帖子已经看完了，忍不住想来提提自己的问题。。。。

我用visual studio进行分子动力学模拟，用实验室师兄的程序，输出的是.dat格式文件，自己编程转换成xyz文件，如下说明：
     1.这些xyz文件记录的是模拟过程中不同时刻所有原子的坐标。
     2.我的目的是要得到整个模拟过程中原子的运动过程的视频。
     3.我可以导入xyz文件到vmd里面，按照坛友提供的教程，可以输出一个文件旋转多少角度输出一张图片，最后用一个软件将这些图片连成一个视频文件。
     4.经过尝试，我已经能够手动导入200个xyz文件，并得到了一个视频。（这样导入要求教高，比如原子数必须相等，但是我的结构是一个周期性边界条件的，所以一段时间后指定区域内的原子数会变，我不得不编程截掉了很多）


[swf]http://player.youku.com/player.php/sid/XMTE3ODAzNTU2/v.swf[/swf]

现在的问题：：导师说不行，不能截原子，而且一个新项目需要演示的就是原子数不断增多时的变化，所以就想vmd能否自动读出一些文件，然后截图，再利用这些输出视频，不知道表达明白没？？

ps：再弱弱的问一下，我也在分子模拟论坛里问过，论坛版主bay__gulf618 是不是就是你啊？？？喔，对了，它提示我
“编写脚本才能完成。做一个100次的循环，每次读入xyz文件，输出图片，删除分子，再读入下一个xyz”
   
  编什么脚本啊？？？我对这个一无所知，该去哪里请教呢，楼主知道吗？？？

麻烦你看完这没什么用的长篇大论了。。谢谢。

[ Last edited by hnuzhoulin on 2009-9-8 at 18:43 ]
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72楼2009-09-08 18:34:35
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
gwdavid(金币+5,VIP+0):牛！ 9-15 21:38
vmd 远非能看到的那些菜单那么简单，可以点点鼠标就能完成。它内嵌有一个tcl 语言的解释器，可以用流程控制的方式完成几乎所有操作，这是vmd 的精华。

对于你的问题，如果文件按顺序为foo1.xyz, foo2.xyz, ... foo200.xyz，可以编写如下脚本

for { set i 1 } {$i <= 200 } {incr i} {
set molid [ mol load xyz foo$i.xyz ]
render snapshot foo$i.bmp
mol delete $molid
}
这样就可以批量生成foo1.bmp, ..., foo200.bmp 文件了
再用视频编辑程序把bmp 做成视频就可以了

你先试一下上面的，
视角，颜色，分辨率等也可以在脚本中指定，这可以在视频做出来后再添加

我也常去mdbbs ，用的就是那个用户名，在那里复杂namd 和vmd 这一块
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73楼2009-09-08 18:50:40
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★
gwdavid(金币+1,VIP+0):谢谢！ 9-29 16:08
我看了你的视频，就是那个效果么

你说的“指定区域内的原子数会变”，是说某些原子会跑出边界很远，从而在视频中看不到了么
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74楼2009-09-08 18:54:09
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tangjikede

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
vmd显示的结构的背景怎样改成白色的阿，这样复制到word 里比较好看一些，我看
display-->background 里只有两个选择，那个solid color 不能再设置了。不知道在那里设置，谢谢
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75楼2009-09-11 14:29:49
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢 9-15 21:38
回#75
菜单graphics > color > display > background > 8 white
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76楼2009-09-11 14:39:14
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arthurii

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
跑DNA的动力学，含小配体分子和几个钾离子，请教该用哪个力场文件识别？
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77楼2009-09-11 17:18:41
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
gwdavid(金币+5,VIP+0):谢谢 9-15 21:39
钾离子在top/par_all27_na 中就有，resi 名称POT
不清楚具体是什么配体，你到stream 文件夹中找找看，
没有的话，可以用
http://www.mdbbs.org/thread-16875-1-1.html
的方法自己构造或是换用amber 力场
http://www.mdbbs.org/thread-17292-1-1.html
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78楼2009-09-11 17:30:17
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tangjikede

新虫 (小有名气)
非常感谢您！
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79楼2009-09-12 15:48:46
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arthurii

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-9-11 17:30:
钾离子在top/par_all27_na 中就有，resi 名称POT
不清楚具体是什么配体，你到stream 文件夹中找找看，
没有的话，可以用
http://www.mdbbs.org/thread-16875-1-1.html
的方法自己构造或是换用am ...

非常感谢，问下，parameter tool除了NAMD网页上给出的那一页说明外有没有其他操作说明书?我找很久都没找到，不知道是没有，还是我英语不好看不出来……
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80楼2009-09-18 20:46:19
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