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bay__gulf金虫 (著名写手)
刘苏州
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hnuzhoulin
金虫 (小有名气)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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将您前面的帖子已经看完了，忍不住想来提提自己的问题。。。。 我用visual studio进行分子动力学模拟，用实验室师兄的程序，输出的是.dat格式文件，自己编程转换成xyz文件，如下说明： 1.这些xyz文件记录的是模拟过程中不同时刻所有原子的坐标。 2.我的目的是要得到整个模拟过程中原子的运动过程的视频。 3.我可以导入xyz文件到vmd里面，按照坛友提供的教程，可以输出一个文件旋转多少角度输出一张图片，最后用一个软件将这些图片连成一个视频文件。 4.经过尝试，我已经能够手动导入200个xyz文件，并得到了一个视频。（这样导入要求教高，比如原子数必须相等，但是我的结构是一个周期性边界条件的，所以一段时间后指定区域内的原子数会变，我不得不编程截掉了很多） [swf]http://player.youku.com/player.php/sid/XMTE3ODAzNTU2/v.swf[/swf] 现在的问题：：导师说不行，不能截原子，而且一个新项目需要演示的就是原子数不断增多时的变化，所以就想vmd能否自动读出一些文件，然后截图，再利用这些输出视频，不知道表达明白没？？ ps：再弱弱的问一下，我也在分子模拟论坛里问过，论坛版主bay__gulf618 是不是就是你啊？？？喔，对了，它提示我 “编写脚本才能完成。做一个100次的循环，每次读入xyz文件，输出图片，删除分子，再读入下一个xyz” 编什么脚本啊？？？我对这个一无所知，该去哪里请教呢，楼主知道吗？？？ 麻烦你看完这没什么用的长篇大论了。。谢谢。 [ Last edited by hnuzhoulin on 2009-9-8 at 18:43 ] |
72楼2009-09-08 18:34:35
2楼2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
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【回2楼】 可以，比如下面这篇文献 Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3楼2009-05-02 13:13:06
4楼2009-05-02 13:45:28