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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

模拟EPI: 8
应助: 9 (幼儿园)
贵宾: 4.85
金币: 2332.8
红花: 1
帖子: 1344
在线: 271小时
虫号: 592012
注册: 2008-09-03
专业: 理论和计算化学
管辖: 分子模拟

[交流] 【在线答疑】关于NAMD/VMD 已有27人参与

看到这个板块的在线答疑方式办得很好，这里也尽自己的薄力给大家一些关于NAMD/VMD 原理及使用方面的帮助。

本帖旨在邀请各位朋友集中提问和回答NAMD/VMD的问题，欢迎每个虫子参与提问与回答。我将尽可能的抽出时间来尽我所能回答该帖相关问题。
注意：
1. 请回答问题的虫子勿必回帖时注明：【回复__楼】；
2. 提问的虫子们得到答案后应该重新编辑自己的提问帖，在下面附上：【已解决，答案见__楼】

namd/vmd 官网上的一些好东西，一个免费软件提供的服务比收费软件还要全面。
这里列几个，不保证全。有些链接很深，需要仔细点找。

http://www.ks.uiuc.edu/    首页
http://www.ks.uiuc.edu/Highlights/index.cgi 一些亮点文章，可以索要，但不如看看网页的介绍
http://www.ks.uiuc.edu/Research/Categories/ 一些分类算例
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/  VMD
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/docs.html vmd文档，里面的链接最好都看看
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/                VMD Plugin Library
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/       VMD Script Library
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/          VMD-L Mailing List
http://biocore.ks.uiuc.edu/bioco ... ips/tclscripts.html    一些脚本，或许对你有用
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ NAMD
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/wiki/                   NamdWiki
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/mailing_list/       NAMD Mailing List
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/documentation.html NAMD Documentation，推荐看一下NAMD 1.5 Programmer's Guide ，我还没有看，谁看完了讲一下。
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/announcements.html NAMD Announcements
http://www.ks.uiuc.edu/Training/                                              Training
http://www.ks.uiuc.edu/Training/CaseStudies/index.html          Case Studies
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/             Tutorials，那些pdf 和代码，常更新。就是说本来对你有用的可能下个月就找不到了

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 18:04 ]

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1楼 2009-05-02 11:11:38

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hnuzhoulin

金虫 (小有名气)

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在线: 49小时
虫号: 778409
注册: 2009-05-24
性别: GG
专业: 计算机应用技术

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

将您前面的帖子已经看完了，忍不住想来提提自己的问题。。。。

我用visual studio进行分子动力学模拟，用实验室师兄的程序，输出的是.dat格式文件，自己编程转换成xyz文件，如下说明：
   1.这些xyz文件记录的是模拟过程中不同时刻所有原子的坐标。
   2.我的目的是要得到整个模拟过程中原子的运动过程的视频。
   3.我可以导入xyz文件到vmd里面，按照坛友提供的教程，可以输出一个文件旋转多少角度输出一张图片，最后用一个软件将这些图片连成一个视频文件。
   4.经过尝试，我已经能够手动导入200个xyz文件，并得到了一个视频。（这样导入要求教高，比如原子数必须相等，但是我的结构是一个周期性边界条件的，所以一段时间后指定区域内的原子数会变，我不得不编程截掉了很多）

[swf]http://player.youku.com/player.php/sid/XMTE3ODAzNTU2/v.swf[/swf]

现在的问题：：导师说不行，不能截原子，而且一个新项目需要演示的就是原子数不断增多时的变化，所以就想vmd能否自动读出一些文件，然后截图，再利用这些输出视频，不知道表达明白没？？

ps：再弱弱的问一下，我也在分子模拟论坛里问过，论坛版主bay__gulf618 是不是就是你啊？？？喔，对了，它提示我
“编写脚本才能完成。做一个100次的循环，每次读入xyz文件，输出图片，删除分子，再读入下一个xyz”

  编什么脚本啊？？？我对这个一无所知，该去哪里请教呢，楼主知道吗？？？

麻烦你看完这没什么用的长篇大论了。。谢谢。

[ Last edited by hnuzhoulin on 2009-9-8 at 18:43 ]

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72楼2009-09-08 18:34:35

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