请教：如何为一个自建的分子找到相应的力场参数

51楼2009-08-17 16:38:36

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tangjikede

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怎样在VMD中标记一些原子，譬如说我想把一个结构的端部的原子，用另外一个颜色标记。

52楼2009-08-18 10:48:14

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bay__gulf

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[回52]
可以设置一个representation，用灵活的selection 和显眼的draw style 显示这个院子

53楼2009-08-22 17:01:47

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tangjikede

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лл

54楼2009-08-24 12:47:26

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involute

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请教：如何为一个自建的分子找到相应的力场参数

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请教达人：我在VMD中建立了这样一个体系：一个Guanine碱基通过琉原子吸附在金电极表面：
Au-S-(G)
现在，我要用NAMD做模拟，需要相关的力参数，如Au-S键的Kb，Au-S-N键角的Ktheta，以及Au-S-N-C二面角的Kphi。

我首先查了uiuc网站上的force-field tutorial，该教程是用一个收费软件Spartan做的演示，但它推荐使用MOPAC或者GAMESS。
从MOPAC的tutorial来看，它计算的所谓force constants，应该是分子振动的简正模(normal modes)。
据我的分析力学知识，normal modes是在广义坐标下的，而Kb，Ktheta和Kphi是跟两个、三个或四个局域的原子相关的。

请问是怎么从量子化学的模拟结果里，导出MD的力参数？

非常感谢！

55楼2009-08-27 16:00:54

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20050355

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关于用VMD作图的问题

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最近刚开始学VMD，请问怎样能只显示表示键的虚线而不显示键长？

56楼2009-08-29 20:08:35

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bay__gulf

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【回54】
不客气

57楼2009-08-30 18:02:32

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bay__gulf

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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 8-30 20:06

【回55】
力场的普适性问题是整个的MD 的通症。
namd 兼容最好的是charmm 力场，但这个力场主要是针对生物体系，很多参数它没有。

如果仅仅需要补充几个键角二面角的话，可以用量化的方法计算。教程里面用Spartan算过振动，但并没有把那个结果放到力场中去，而是算了一个二面角。振动分析得到的简正模式同力场中的参数没有简单关联，至少我没有找到关联。

如果有大量的参数缺失，还是建议换用其它力场吧，比如amber。

更多细节可以参考这两个帖子
http://www.mdbbs.org/thread-16875-1-1.html
http://www.mdbbs.org/thread-17292-1-1.html

58楼2009-08-30 18:09:12

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bay__gulf

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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 8-30 20:07

【回56】
是label 中的么，窗口第3个标签可以设置文字的大小。
但好像不能彻底去除，我再试试看吧

59楼2009-08-30 18:15:34

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involute

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［回58楼］

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非常感谢！

我想继续问一下，我是用TCL脚本构建的整个nanopore + thiol + electrodes体系，生成的是pdb和psf文件。如果改用AMBER力场，因为AMBER和CHARMM对原子的命名不同，我是否需要把pdb和psf改成crd和top文件？还是可以把AMBER力场文件“翻译”成CHARMM格式的力场文件？

我个人希望后者行的通。因为前面生成pdb和psf文件的tcl脚本至少有好几千行，改起来非常麻烦。

另外，我在分子动力学模拟方面完全是新手，我所有的知识都是从ks.uiuc网站的tutorial自己学来的，我不知道CHARMM力场和AMBER力场的区别是什么？可否简单解释一下？我只知道，CHARMM力场是按照bond length (Kb), bond angle (Ktheta), dihedra (Kphi), improper (Kinv) , 以及VDW来区分的；请问AMBER是这样的吗？

请您指教，谢谢！

引用回帖:

Originally posted by bay__gulf at 2009-8-30 18:09:
【回55】
如果有大量的参数缺失，还是建议换用其它力场吧，比如amber。