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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

模拟EPI: 8
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红花: 1
帖子: 1344
在线: 271小时
虫号: 592012
注册: 2008-09-03
专业: 理论和计算化学
管辖: 分子模拟

[交流] 【在线答疑】关于NAMD/VMD 已有27人参与

看到这个板块的在线答疑方式办得很好，这里也尽自己的薄力给大家一些关于NAMD/VMD 原理及使用方面的帮助。

本帖旨在邀请各位朋友集中提问和回答NAMD/VMD的问题，欢迎每个虫子参与提问与回答。我将尽可能的抽出时间来尽我所能回答该帖相关问题。
注意：
1. 请回答问题的虫子勿必回帖时注明：【回复__楼】；
2. 提问的虫子们得到答案后应该重新编辑自己的提问帖，在下面附上：【已解决，答案见__楼】

namd/vmd 官网上的一些好东西，一个免费软件提供的服务比收费软件还要全面。
这里列几个，不保证全。有些链接很深，需要仔细点找。

http://www.ks.uiuc.edu/    首页
http://www.ks.uiuc.edu/Highlights/index.cgi 一些亮点文章，可以索要，但不如看看网页的介绍
http://www.ks.uiuc.edu/Research/Categories/ 一些分类算例
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/  VMD
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/docs.html vmd文档，里面的链接最好都看看
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/                VMD Plugin Library
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/       VMD Script Library
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/          VMD-L Mailing List
http://biocore.ks.uiuc.edu/bioco ... ips/tclscripts.html    一些脚本，或许对你有用
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ NAMD
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/wiki/                   NamdWiki
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/mailing_list/       NAMD Mailing List
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/documentation.html NAMD Documentation，推荐看一下NAMD 1.5 Programmer's Guide ，我还没有看，谁看完了讲一下。
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/announcements.html NAMD Announcements
http://www.ks.uiuc.edu/Training/                                              Training
http://www.ks.uiuc.edu/Training/CaseStudies/index.html          Case Studies
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/             Tutorials，那些pdf 和代码，常更新。就是说本来对你有用的可能下个月就找不到了

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 18:04 ]

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1楼 2009-05-02 11:11:38

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vincentye

至尊木虫 (著名写手)

应助: 0 (幼儿园)
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红花: 1
帖子: 1950
在线: 278.9小时
虫号: 486473
注册: 2007-12-27
性别: GG
专业: 凝聚态物性I:结构、力学和

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

楼主，我在windows下使用x-win32 9.1 远程连接ubuntu9.04，上面装有vmd

我按照vmd官网上的说明，对x-win32进行了设置，说明如下

Using the VMD GUI on Windows
To get the graphical user interfaces for VMD on Windows using XWin-32 and putty may require an additional step to get the OpenGL library (compared to the usual procedure to get an X-Window).

Right click on the XWin-32 button and go the Xconfig. Open the Other tab. Depending on the version of X-Win32, check the box labeled OpenGL Software Rendering .. or the box labeled GLX Buffering. Then restart X-Win32.

As usual when using putty, go to the ssh tab, and make sure X11 tunneling is "on". On some versions of putty, this is under "tunneling". This allows you to get an X-Window on the HPC VCL image. You can check whether you can get a X-Window by typing:

xclock &
at the command line.

出现以下结果

ye@xjning:~$ vmd
rlwrap: Command not found.
Info) VMD for LINUXAMD64, version 1.8.7 (August 1, 2009)
Info) http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
Info) Email questions and bug reports to vmd@ks.uiuc.edu
Info) Please include this reference in published work using VMD:
Info) Humphrey, W., Dalke, A. and Schulten, K., `VMD - Visual
Info) Molecular Dynamics', J. Molec. Graphics 1996, 14.1, 33-38.
Info) -------------------------------------------------------------
Info) Multithreading available, 8 CPUs detected.
Info) Free system memory: 11424MB (96%)
Info) No CUDA accelerator devices available.
Xlib: extension "Generic Event Extension" missing on display "localhost:10.0".
ERROR) A TrueColor visual is required, but not available.
ERROR) The X server is not capable of displaying double-buffered,
ERROR) RGB images with a Z buffer. Exiting ...
Info) VMD for LINUXAMD64, version 1.8.7 (August 1, 2009)
Info) Unable to create OpenGL window.

然后我用putty，将x11设置为on，输入xclock &，也出现了系统的钟，但是输入vmd，和x-win32显示的一样,不知能否帮忙解决一下！谢谢！

[ Last edited by vincentye on 2010-2-23 at 19:03 ]

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125楼2010-02-23 18:51:50

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