| 查看: 11840 | 回复: 210 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
bay__gulf金虫 (著名写手)
刘苏州
|
[交流]
【在线答疑】关于NAMD/VMD 已有27人参与
|
||
回复此楼
请教PSF文件中关于IMPHI的写法
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
|
您好！ 我最近用topology_all27_na.inp生成DNA的PSF文件的时候发现，对于如下的IMPROPER： A—B—C ▏ D 在psf文件的IMPHI行，是写成 B A C D的格式。但我查了一下NAMD关于bionano的一个tutorial，发现它给的sample DNA，对以上结构，采取的写法是 A C B D。 另外，我查看了一下，这个tutorial里面，PDB和PSF中，atom name，atom type均采取Amber的命名格式，因为它最后计算采取的parameter file是cornell.prm，里面的atom type是AMBER格式的。 所以，我现在碰到一个问题，直接采取top_all27_na.inp生成的IMPHI，在用cornell.prm参数运行NAMD时，它报错，因为不认识B A C D，所以找不到B A C D的参数。 我想请教一下，是不是因为top_all27_na.inp采取的是CHARMM格式，而cornell.prm采取的是Amber格式，所以它们对IMPROPER的四个原子排列顺序不一样？ 如果是那样，我个人打算采取的解决方案是，直接修改top_all27_na.inp里面每个residue对IMPR的格式定义，使其跟cornell.prm一致，但我不知道这样会不会有别的意想不到的问题。 ps：我的专业背景是微电子类，对生物知道的很少。请多多赐教！ 谢谢！ |
84楼2009-09-24 11:15:41
2楼2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
|
【回2楼】 可以，比如下面这篇文献 Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3楼2009-05-02 13:13:06
4楼2009-05-02 13:45:28
