应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
57/1返回列表
查看: 11313  |  回复: 210
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

[交流] 【在线答疑】关于NAMD/VMD已有27人参与

看到这个板块的在线答疑方式办得很好，这里也尽自己的薄力给大家一些关于NAMD/VMD 原理及使用方面的帮助。

本帖旨在邀请各位朋友集中提问和回答NAMD/VMD的问题，欢迎每个虫子参与提问与回答。我将尽可能的抽出时间来尽我所能回答该帖相关问题。
注意：
1. 请回答问题的虫子勿必回帖时注明：【回复__楼】；
2. 提问的虫子们得到答案后应该重新编辑自己的提问帖，在下面附上：【已解决，答案见__楼】


namd/vmd 官网上的一些好东西，一个免费软件提供的服务比收费软件还要全面。
这里列几个，不保证全。有些链接很深，需要仔细点找。

http://www.ks.uiuc.edu/      首页
http://www.ks.uiuc.edu/Highlights/index.cgi    一些亮点文章 ，可以索要，但不如看看网页的介绍
http://www.ks.uiuc.edu/Research/Categories/   一些分类算例
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/  VMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/docs.html   vmd文档，里面的链接最好都看看
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/                  VMD Plugin Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/         VMD Script Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/            VMD-L Mailing List
   http://biocore.ks.uiuc.edu/bioco ... ips/tclscripts.html     一些脚本，或许对你有用
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/    NAMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/wiki/                    NamdWiki
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/mailing_list/        NAMD Mailing List
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/documentation.html    NAMD Documentation，推荐看一下NAMD 1.5 Programmer's Guide ，我还没有看，谁看完了讲一下。
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/announcements.html   NAMD Announcements
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/                                                Training
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/CaseStudies/index.html           Case Studies
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/                Tutorials，那些pdf 和代码，常更新。就是说本来对你有用的可能下个月就找不到了

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 18:04 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼2009-05-02 11:11:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

involute

新虫 (初入文坛)

［回61］

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
非常感谢您的解答！

我现在的打算是这样，我希望用quantum chemistry的软件对我的体系直接做ab initio计算，然后从中手工提取molecule mechanics的参数。

但现在有3个问题不清楚：

第一，我查了一下相关的文献，发现被引用最高的是J. A. C. S, vol 115, pp. 9389 (1993)，它是用上面方法做的，但问题是，它没有给出怎么从ab initio计算结果提取molecule mechanics参数的详细说明。是不是说，它默认为这个很简单？比如可以从相关软件的下拉菜单里，直接选中、完成？

第二，仍然是上述文献，它在table III里给出了Kb, Ktheta，但没有给出dihedral和Kdihedral，是不是他用的不是SPARTAN软件，所以没能提取出这两个参数？

第三，我在namd的mailing list里问了，有人解答说，一般是用quantum chemistry计算，然后提取AMBER力场格式的参数。请问，您推荐哪款quantum chemistry软件有这个提取功能？MOPAC？GAMESS？

谢谢！
赞一下(1人) 回复此楼
62楼2009-09-01 14:53:40
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 211 个回答

xpyp

木虫 (小有名气)
占个沙发先！

不知到NAMD对小分子与酶复合物的模拟能不能做？

【已解决，答案见 3 楼】

[ Last edited by xpyp on 2009-5-2 at 23:59 ]
赞一下 回复此楼
2楼2009-05-02 11:58:42
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
【回2楼】
可以，比如下面这篇文献

Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007.

[ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ]
赞一下(10人) 回复此楼
3楼2009-05-02 13:13:06
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

recoli

金虫 (正式写手)
刚接触NAMD，对于spherical boundary condition比较感兴趣，请问NAMD的spherical boundary condition是如何运作的？和一般的xyz periodic boundary condition有什么不同？可以使用Ewarld summation或PME来计算长程库仑力吗？

谢谢！
赞一下 回复此楼
4楼2009-05-02 13:45:28
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 211 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭