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bay__gulf金虫 (著名写手)
刘苏州
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［回61］
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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非常感谢您的解答！ 我现在的打算是这样，我希望用quantum chemistry的软件对我的体系直接做ab initio计算，然后从中手工提取molecule mechanics的参数。 但现在有3个问题不清楚： 第一，我查了一下相关的文献，发现被引用最高的是J. A. C. S, vol 115, pp. 9389 (1993)，它是用上面方法做的，但问题是，它没有给出怎么从ab initio计算结果提取molecule mechanics参数的详细说明。是不是说，它默认为这个很简单？比如可以从相关软件的下拉菜单里，直接选中、完成？ 第二，仍然是上述文献，它在table III里给出了Kb, Ktheta，但没有给出dihedral和Kdihedral，是不是他用的不是SPARTAN软件，所以没能提取出这两个参数？ 第三，我在namd的mailing list里问了，有人解答说，一般是用quantum chemistry计算，然后提取AMBER力场格式的参数。请问，您推荐哪款quantum chemistry软件有这个提取功能？MOPAC？GAMESS？ 谢谢！ |
63楼2009-09-01 15:11:01
2楼2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
- 模拟EPI: 8
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
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【回2楼】 可以，比如下面这篇文献 Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3楼2009-05-02 13:13:06
4楼2009-05-02 13:45:28
