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tangjikede

新虫 (小有名气)

41楼2009-08-05 21:48:50
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tangjikede

新虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我刚下载了一个VMD187,安装了后怎么点击后,闪了一下一个黑框就没了,是电脑系统的原因吗

[ Last edited by tangjikede on 2009-8-7 at 11:31 ]
42楼2009-08-05 21:51:15
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anquren

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
运行NAMD出现如下错误,原因是什么?
Charm++: standalone mode (not using charmrun)
Info: NAMD 2.6 for Linux-i686
Info:
Info: Please visit http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
Info: and send feedback or bug reports to namd@ks.uiuc.edu
Info:
Info: Please cite Phillips et al., J. Comp. Chem. 26:1781-1802 (2005)
Info: in all publications reporting results obtained with NAMD.
Info:
Info: Based on Charm++/Converse 50900 for net-linux-iccstatic
Info: Built Wed Aug 30 12:54:30 CDT 2006 by jim on kyoto.ks.uiuc.edu
Info: 1 NAMD  2.6  Linux-i686  1   
Info: Running on 1 processors.
Info: 7240 kB of memory in use.
Info: Memory usage based on mallinfo
Info: Configuration file is rgbiw.namd
TCL: Suspending until startup complete.
Info: SIMULATION PARAMETERS:
Info: TIMESTEP               1
Info: NUMBER OF STEPS        0
Info: STEPS PER CYCLE        20
Info: LOAD BALANCE STRATEGY  Other
Info: LDB PERIOD             4000 steps
Info: FIRST LDB TIMESTEP     100
Info: LDB BACKGROUND SCALING 1
Info: HOM BACKGROUND SCALING 1
Info: MAX SELF PARTITIONS    50
Info: MAX PAIR PARTITIONS    20
Info: SELF PARTITION ATOMS   125
Info: PAIR PARTITION ATOMS   200
Info: PAIR2 PARTITION ATOMS  400
Info: MIN ATOMS PER PATCH    100
Info: INITIAL TEMPERATURE    298
Info: CENTER OF MASS MOVING INITIALLY? NO
Info: DIELECTRIC             1
Info: EXCLUDE                SCALED ONE-FOUR
Info: 1-4 SCALE FACTOR       1
Info: DCD FILENAME           rgbinw.dcd
Info: DCD FREQUENCY          50
Info: DCD FIRST STEP         50
Info: XST FILENAME           rgbinw.xst
Info: XST FREQUENCY          50
Info: NO VELOCITY DCD OUTPUT
Info: OUTPUT FILENAME        rgbinw
Info: RESTART FILENAME       rgbinw.restart
Info: RESTART FREQUENCY      1000
Info: SWITCHING ACTIVE
Info: SWITCHING ON           9
Info: SWITCHING OFF          10
Info: PAIRLIST DISTANCE      12
Info: PAIRLIST SHRINK RATE   0.01
Info: PAIRLIST GROW RATE     0.01
Info: PAIRLIST TRIGGER       0.3
Info: PAIRLISTS PER CYCLE    2
Info: PAIRLISTS ENABLED
Info: MARGIN                 0
Info: HYDROGEN GROUP CUTOFF  2.5
Info: PATCH DIMENSION        14.5
Info: ENERGY OUTPUT STEPS    100
Info: CROSSTERM ENERGY INCLUDED IN DIHEDRAL
Info: TIMING OUTPUT STEPS    1000
Info: USING VERLET I (r-RESPA) MTS SCHEME.
Info: C1 SPLITTING OF LONG RANGE ELECTROSTATICS
Info: PLACING ATOMS IN PATCHES BY HYDROGEN GROUPS
Info: NONBONDED FORCES EVALUATED EVERY 2 STEPS
Info: RANDOM NUMBER SEED     1249824237
Info: USE HYDROGEN BONDS?    NO
Info: COORDINATE PDB         rgbinro1aw.pdb
Info: STRUCTURE FILE         rgbinro1aw.psf
Info: PARAMETER file: CHARMM format!
Info: PARAMETERS             par_all27_prot_lipid_na.inp
Info: USING ARITHMETIC MEAN TO COMBINE L-J SIGMA PARAMETERS
Warning: DUPLICATE ANGLE ENTRY FOR CPH1-NR1-CPH2
PREVIOUS VALUES  k=130  theta0=107.5 k_ub=0 r_ub=0
   USING VALUES  k=130  theta0=107 k_ub=0 r_ub=0
Info: SUMMARY OF PARAMETERS:
Info: 299 BONDS
Info: 729 ANGLES
Info: 1145 DIHEDRAL
Info: 84 IMPROPER
Info: 0 CROSSTERM
Info: 161 VDW
Info: 0 VDW_PAIRS
FATAL ERROR: CAN'T FIND CROSSTERM PARAMETERS FOR C  NH1  CT1  C  NH1  CT1  C  NH1
Stack Traceback:
  [0] _ZN10Parameters22assign_crossterm_indexEPcS0_S0_S0_S0_S0_S0_S0_P9crossterm+0x34b  [0x828a447]
  [1] _ZN8Molecule15read_crosstermsEP8_IO_FILEP10Parameters+0x29f  [0x8265027]
  [2] _ZN8Molecule13read_psf_fileEPcP10Parameters+0x1129  [0x8262fed]
  [3] _ZN8MoleculeC9EP13SimParametersP10ParametersPc+0x246  [0x8261e02]
  [4] _ZN8MoleculeC1EP13SimParametersP10ParametersPc+0x14  [0x82665d0]
  [5] _ZN9NamdState14configListInitEP10ConfigList+0x49b  [0x827abc7]
  [6] _ZN9ScriptTcl9initcheckEv+0x5e  [0x82b9f8e]
  [7] _ZN9ScriptTcl12Tcl_minimizeEPvP10Tcl_InterpiPPc+0x1e  [0x82b74a2]
  [8] TclInvokeStringCommand+0x7f  [0x8395d58]
  [9] namd2 [0x83ca7c1]
  [10] Tcl_EvalEx+0x1c3  [0x83cae4e]
  [11] Tcl_EvalFile+0x138  [0x83c2afa]
  [12] _ZN9ScriptTcl3runEPc+0x1a  [0x82b6a86]
  [13] main+0x1d6  [0x80df19a]
  [14] __libc_start_main+0xbc  [0x4012dbac]
  [15] _ZStlsISt11char_traitsIcEERSt13basic_ostreamIcT_ES5_c+0x59  [0x80dba71]
43楼2009-08-11 11:50:27
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zhdpanjun

金虫 (初入文坛)

问题


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
请问一下在vmd中可以在分子上增加或改变键连原子吗?比如在甲基上将一个氢改变做羟基!
44楼2009-08-13 16:45:27
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tangjikede

新虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我用VMD的movie maker时,当用videomach去将那些bmp图片连起来后,放映动画时会有一个字幕,Produced with videomach,下面还有一个网址, 怎样才能去掉这些字。或者还有其他软件能实现吗。
还有vmd图片中的坐标系是否可以去掉。谢谢。
45楼2009-08-17 13:40:44
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

[回40]
可以用 Linux-Itanium-Altix 版本
namd2 及其他相关文件需要放到系统的PATH 中或使用绝对路径
46楼2009-08-17 16:27:16
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

[回42]
是linux 版本么,可能缺libstdc++.so.5 这个文件。
你需要描述更清楚些
更多问题可以参考 http://www.mdbbs.org/thread-15650-1-1.html
47楼2009-08-17 16:32:03
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

[回43]
CAN'T FIND CROSSTERM PARAMETERS FOR C  NH1  CT1  C  NH1  CT1  C  NH1
有一个CMAP 参数没有找到,可以修改参数文件加入这个参数,或是在psf 文件这删除这个参数。
48楼2009-08-17 16:34:19
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

【回44】
可以用psfgen中的delatom 和addatom 修改,也可以直接修改pdb 文件
49楼2009-08-17 16:35:24
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

【回45】
* 购买或找个破解版的 videomach
* 使用其他工具,比如bmp2avi 等
50楼2009-08-17 16:36:41
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