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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 7-1 20:45
回【20】
你已经安装成功，
那个错误 No simulation config file specified on command lin，是说没有指定conf 文件。
namd 运行时候，所有的参数，比如温度，压力，步长，总时间等都要在conf 文件中指定。pdb/psf 文件存储分子构型，这2个文件也要在conf 文件中指定。你只是输入namd，它怎么会知道这些参数呢。namd 运行时候没有图形界面，要适应一下哦。

至于会写psf 和 conf文件了，你就学会NAMD 了。
这个要花几个月时间，不是看几个帖子能做到的。
我在这个帖子1楼列出几个链接，里面东西很多，可以下载一些看看。

[ Last edited by bay__gulf on 2009-7-1 at 14:25 ]
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21楼2009-07-01 14:23:14
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wsyg1986

铜虫 (正式写手)

谢谢啦

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
谢谢啦，我也下拉一个vmd，那个可以打开pdb/psf 文件，可以看到图形，是不是vmd构建分子结构，然后需要什么条件模拟就用conf文件写好，连接就可以完成任务啦。
   非常感谢您！
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22楼2009-07-01 16:08:37
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 7-1 20:45
引用回帖:
Originally posted by wsyg1986 at 2009-7-1 16:08:
谢谢啦，我也下拉一个vmd，那个可以打开pdb/psf 文件，可以看到图形，是不是vmd构建分子结构，然后需要什么条件模拟就用conf文件写好，连接就可以完成任务啦。
   非常感谢您！

是的，namd只是一个计算模块，建模同数据处理都要在vmd中完成。
所以要先学vmd，建好模型后再用namd 跑动力学，数据出来后再用vmd分析。
namd同vmd 师出同门，现在已经实现无缝链接。
当然，因为文件格式兼容，namd 不只用vmd 建模分析，vmd 也不只是用于namd。

[ Last edited by bay__gulf on 2009-7-1 at 16:12 ]
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23楼2009-07-01 16:11:29
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yfw7210

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
为什么自动产生的参数文件没有内容呢？
像下边：
!>>>>>> Combined CHARMM All-Hydrogen Parameter File for <<<<<<<<<
!>>>>>>>>> CHARMM22 Proteins and CHARMM27 Lipids <<<<<<<<<<
!from
!>>>> CHARMM22 All-Hydrogen Parameter File for Proteins <<<<<<<<<<
!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> August 1999 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
!>>>>>>> Direct comments to Alexander D. MacKerell Jr. <<<<<<<<<
!>>>>>> 410-706-7442 or email: alex,mmiris.ab.umd.edu  <<<<<<<<<
!and !  \\\ CHARMM27 All-Hydrogen Lipid Parameter File ///////
!  \\\\\\\\\ Developmental /////////////////////////
!              Alexander D. MacKerell Jr.
!                     August 1999
! All comments to ADM jr.  email:alex,mmiris.ab.umd.edu
!              telephone: 410-706-7442
!



! +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
! + Residue topologies/parameters generated by PARATOOL.                      +
! +                                                                           +
! + PARATOOL is an interactive tool for generation of force field parameters. +
! + and can be obtained free of charge from                                   +
! + http://bioinf.charite.de/biophys/paratool                                 +
! +                                                                           +
! + Author:                                                                   +
! + Jan Saam                                                                  +
! + Institute of Biochemistry                                                 +
! + Charite Berlin                                                            +
! + Germany                                                                   +
! + saam@charite.de                                                           +
! +                                                                           +
! + CITATION:                                                                 +
! + If you use PARATOOL or topologies/parameters generated by this program,   +
! + please cite the following work:                                           +
! + Saam, et al. (2006), ...                                                  +
! +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++


! Parameters for components GLY THR
! To be used in combination with:
! F://20090703/par_all27_prot_lipid.inp


BONDS
!
!V(bond) = Kb(b - b0)**2
!
!Kb: kcal/mole/A**2
!b0: A
!
!atom type   Kb         b0
!



ANGLES
!
!V(angle) = Ktheta(Theta - Theta0)**2
!
!V(Urey-Bradley) = Kub(S - S0)**2
!
!Ktheta: kcal/mole/rad**2
!Theta0: degrees
!Kub: kcal/mole/A**2 (Urey-Bradley)
!S0: A
!
!atom types        Ktheta    Theta0    Kub      S0
!



DIHEDRALS
!
!V(dihedral) = Kchi(1 + cos(n(chi) - delta))
!
!Kchi: kcal/mole
!n: multiplicity
!delta: degrees
!
!atom types             Kchi     n    delta
!


IMPROPER
!
!V(improper) = Kpsi(psi - psi0)**2
!
!Kpsi: kcal/mole/rad**2
!psi0: degrees
!note that the second column of numbers (0) is ignored
!
!atom types             Kpsi        0  psi0
!



NONBONDED nbxmod  5 atom cdiel shift vatom vdistance vswitch -
cutnb 14.0 ctofnb 12.0 ctonnb 10.0 eps 1.0 e14fac 1.0 wmin 1.5
                !adm jr., 5/08/91, suggested cutoff scheme
!
!V(Lennard-Jones) = Eps(i,j)*[(Rmin(i,j)/r(i,j))**12 - 2(Rmin(i,j)/r(i,j))**6]
!
!epsilon [kcal/mole]: Eps(i,j) = sqrt(eps(i) * eps(j))
!Rmin/2  [A]:         Rmin(i,j) = Rmin/2(i) + Rmin/2(j)
!
!atom  ignored   epsilon     Rmin/2  ignored   eps,1-4     Rmin/2,1-4
!

END
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24楼2009-07-03 15:14:56
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★ ★
gwdavid(金币+3,VIP+0):谢谢！ 7-7 20:12
gwdavid(金币+3,VIP+0):谢谢！ 7-7 20:13
回【24】
那些参数不是用某个程序就能得到的。
可以到 http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html 下载。
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25楼2009-07-03 16:26:12
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yfw7210

金虫 (小有名气)

有关VMD插件Paratool

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
版主，我在用VMD中的QMtool菜单，优化一个两个氨基酸组成的小分子，想得到它的最优化结构，我按照paratool 指南中操作，在写出了高斯输入文件后运行时，没有产生log文件，这是什么问题呢？
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26楼2009-07-07 11:05:01
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
gwdavid(金币+3,VIP+0):谢谢！ 7-7 20:13
【回26楼】
vmd 不是专门的处理gaussian输入输出文件的软件，那个plugin也只是好事之人的习作，
不能指望它做的多么完美，
还是用gview 吧。
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27楼2009-07-07 17:26:47
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involute

新虫 (初入文坛)

请教NAMD对金电极的处理

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请教达人，我正在试图用NAMD做一个纳米金电极和DNA系统的分子动力学模拟，打算采取以下流程：

第一，在DNA的pdb文件中，手工加入一个Gold的residue，把组成纳米电极的全部金原子坐标写入。

第二，修改CHARMM的topology文件，加入对Gold这个residue的topology描述。

第三，在VMD界面下，用修改后的topology文件，和包含DNA、Gold的pdb文件，生成结构描述文件psf。

第四，修改CHARMM的parameter文件，加入对金原子和其他原子相互作用的描述。

第五，把整个系统放入water sphere，并做minimize和equilibrate。

想请教达人，是否可以这样做？如果可以，对Gold的topology和parameter如何描述？这些参数在哪儿找？

谢谢！
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28楼2009-07-16 10:31:35
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 7-16 12:25
【回28】
步骤正确，但charmm力场对金属原子支持不强，par文件很难写。
这方面好像还没有好的工作。
要么减少一些关键的参数，要么换个力场吧
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29楼2009-07-16 12:10:25
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involute

新虫 (初入文坛)

回29楼

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
回29楼：
谢谢达人指点！

      我看的参考文献上，对DNA游动通过纳米电极，他们采取的是CHARMM27力场，所以，我想他们是不是找到了跟金原子相关的参数，自己加进去了？

      另外，我本人是学微电子的，这是第一次做分子动力学模拟，是看了NAMD的tutorial，结合这个问题，估摸着这么一套方案［见27楼］，心里完全没底，请教达人，确定是这么做吗？

      谢谢！
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30楼2009-07-16 14:29:21
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