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小周三

新虫 (初入文坛)

[交流] blast序列比对结果 已有3人参与

blast序列结果，找同源性较高的，是看ident一项吗？

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潇潇湘水

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1楼 2017-07-17 15:43:37
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潇潇湘水

禁虫 (初入文坛)
★
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送红花一朵
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2楼2017-07-18 00:07:57
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15800717692

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
除了一致性还要看  总分  gap 等  另E值越小越好  一般比对的前几条结果较好

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小周三
3楼2017-07-18 00:57:02
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小周三

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by 15800717692 at 2017-07-18 00:57:02
除了一致性还要看  总分  gap 等  另E值越小越好  一般比对的前几条结果较好

是选择ident相似度大于等于97%，其他比对结果都比较符合的吗？如将下图选择打钩的几项构建发育树是否合理？
blast序列比对结果


blast序列比对结果-1



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4楼2017-07-18 08:14:16
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fengduyanyu

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
合理，一般比较热门的基因，前几十个都可以比对，而且看你的这个，相似性还是挺高的。当然你也要选择是不是全长，有些把一个完整阅读框架的部分测序。

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5楼2017-07-18 10:30:34
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