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【请教大家】blast序列比对问题 已有1人参与
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请教大家一个问题 我做的高通量测序的结果其中的一条序列拿出来blast比对，结果发现query序列从第22个开始，对应着subject序列（16S rRNA gene, complete sequence）第1个碱基，也就是说query序列前面的碱基没有参与比对，但是blast还是认为这两个序列一致性更高，这是否是blast算法的一种参数控制导致的？ 用AlignX对比两个序列发现，这种情况是由于query序列在前面比subject序列多21个碱基造成的，之后的序列完全相同。我困惑的是query序列按理应该就是subject序列对应的微生物，但是为什么会比subject的16S全序列前面还多21个碱基？ 请大家帮我分析一下，谢谢！  1.blast比对结果.jpg  2.alignX比对结果.jpg |
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2楼2015-08-31 21:17:47
acvhreinlg
银虫 (正式写手)
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-08-31 23:11:17
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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-08-31 23:11:17
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你用你前面多出来的序列blast看看，估计你所谓的subject序列找的不对，应该有完全匹配的 发自小木虫Android客户端 |
3楼2015-08-31 21:41:27
4楼2015-09-01 09:54:04
5楼2015-09-01 09:55:14
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