| 查看: 2029 | 回复: 4 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
【请教大家】blast序列比对问题 已有1人参与
|
||
|
请教大家一个问题 我做的高通量测序的结果其中的一条序列拿出来blast比对，结果发现query序列从第22个开始，对应着subject序列（16S rRNA gene, complete sequence）第1个碱基，也就是说query序列前面的碱基没有参与比对，但是blast还是认为这两个序列一致性更高，这是否是blast算法的一种参数控制导致的？ 用AlignX对比两个序列发现，这种情况是由于query序列在前面比subject序列多21个碱基造成的，之后的序列完全相同。我困惑的是query序列按理应该就是subject序列对应的微生物，但是为什么会比subject的16S全序列前面还多21个碱基？ 请大家帮我分析一下，谢谢！  1.blast比对结果.jpg  2.alignX比对结果.jpg |
回复此楼» 猜你喜欢
含氟糖皮质激素的外用抗炎利器醋酸氟轻松
已经有0人回复
-
阿莫奈韦（Amenamevir）：解旋酶-引物酶靶向分子的结构特征与合成路径全解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有80人回复
-
利瑞鲁单抗：靶向KIR的NK细胞检查点工具抗体，结构基础与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Wnt-C59：PORCN靶向化学探针，Wnt信号通路阻断机制与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Fexaramine：肠道限制性FXR化学探针，结构特征与信号通路研究全解析
已经有0人回复
-
NVS-STG2：靶向STING跨膜域的分子胶类激动剂，结构特征与寡聚化机制研究全解析
已经有0人回复
-
DOTA-GPC3肽（CAS 3066439-94-6）：双功能分子探针前体的结构特征与标记应用解析
已经有0人回复
-
科研用 TLR7/8 双激动剂怎么选？现货与质控要点
已经有0人回复
-
SEL120-34A HCl：CDK8/CDK19高选择性激酶抑制剂
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 【求助】编译siesta3 出错
已经有4人回复
5楼2015-09-01 09:55:14
2楼2015-08-31 21:17:47
acvhreinlg
银虫 (正式写手)
- 应助: 21 (小学生)
- 金币: 230.4
- 散金: 1800
- 红花: 7
- 帖子: 891
- 在线: 269.9小时
- 虫号: 1896747
- 注册: 2012-07-17
- 性别: GG
- 专业: 细胞物质运输
【答案】应助回帖
★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-08-31 23:11:17
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-08-31 23:11:17
|
你用你前面多出来的序列blast看看，估计你所谓的subject序列找的不对，应该有完全匹配的 发自小木虫Android客户端 |
3楼2015-08-31 21:41:27
4楼2015-09-01 09:54:04
100