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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 【请教大家】blast序列比对问题
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wardwaads

银虫 (小有名气)

[求助] 【请教大家】blast序列比对问题 已有1人参与

请教大家一个问题
我做的高通量测序的结果其中的一条序列拿出来blast比对，结果发现query序列从第22个开始，对应着subject序列（16S rRNA gene, complete sequence）第1个碱基，也就是说query序列前面的碱基没有参与比对，但是blast还是认为这两个序列一致性更高，这是否是blast算法的一种参数控制导致的？
用AlignX对比两个序列发现，这种情况是由于query序列在前面比subject序列多21个碱基造成的，之后的序列完全相同。我困惑的是query序列按理应该就是subject序列对应的微生物，但是为什么会比subject的16S全序列前面还多21个碱基？
请大家帮我分析一下，谢谢！

【请教大家】blast序列比对问题
1.blast比对结果.jpg


【请教大家】blast序列比对问题-1
2.alignX比对结果.jpg
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1楼 2015-08-30 17:44:23
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wardwaads

银虫 (小有名气)
大家难道都没有遇到这种情况吗？
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2楼2015-08-31 21:17:47
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acvhreinlg

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-08-31 23:11:17
你用你前面多出来的序列blast看看，估计你所谓的subject序列找的不对，应该有完全匹配的

发自小木虫Android客户端
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科研是将金钱转换为知识的过程，而创新则是将知识转换为金钱的过程。
3楼2015-08-31 21:41:27
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wardwaads

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by acvhreinlg at 2015-08-31 21:41:27
你用你前面多出来的序列blast看看，估计你所谓的subject序列找的不对，应该有完全匹配的

这个subject已经是数据库中这种菌目前最长的序列了
总长度是1480，写的是16S rRNA complete sequence
而我们所知的细菌16S rRNA全长为1542nt
是否有可能这里所谓16 rRNA complete sequence并不完整？
如果是这样的话，我用该序列比对该菌的全基因组DNA序列，是否应该就能比对的上？
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4楼2015-09-01 09:54:04
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wardwaads

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by acvhreinlg at 2015-08-31 21:41:27
你用你前面多出来的序列blast看看，估计你所谓的subject序列找的不对，应该有完全匹配的

另外，你的回复很有启发性
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5楼2015-09-01 09:55:14
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