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mahoumeimei

金虫 (小有名气)

[求助] 序列BLAST

TA克隆,拿到一批细菌的16s rRNA部分序列,请问在NCBI中BLAST时,choose search set时应该选择什么啊?为什么选择NR/NT和选择16s rRNA时,比对的结果不太一样呢?应该按照哪个啊?









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chenyishan

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-08-01 14:07:46
mahoumeimei: 金币+3, 那应该按照哪种呢? 2012-08-01 21:57:10
你第一种方法选取的检索范围限定在16s rRNA范围,几乎都是已经分离得到的菌株,第二种限定的检索范围更大,把人家研究环境中微生物用克隆文库得到的序列也检索出来了,这当然很正常。因为第二种检索的细菌和古菌包括不可培养的。
我实际上不是新虫子,只是来的时间太少!
2楼2012-08-01 13:39:47
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zmw_520

禁虫 (小有名气)

感谢参与,应助指数 +1
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3楼2012-08-01 15:36:46
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boyx

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
mahoumeimei: 金币+1, 关键是我不知道该用哪种啊 2012-08-01 22:15:49
一楼的说的好,楼主你要知道,(nr/nt)的范围比16srRNA的范围要大很多啊
自由之思想,独立之灵魂
4楼2012-08-01 16:16:36
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chenyishan

木虫 (正式写手)

如果你用16S方法鉴定菌种的话,只能鉴定到属。你的目的已经达到了。要进一步鉴定到种的话,还得按照传统的方法来做生理生化等方面的实验。也就是说16S是鉴定不到种的。
我实际上不是新虫子,只是来的时间太少!
5楼2012-08-01 20:57:21
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