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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 序列BLAST
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)

[求助] 序列BLAST

TA克隆，拿到一批细菌的16s rRNA部分序列，请问在NCBI中BLAST时，choose search set时应该选择什么啊？为什么选择NR/NT和选择16s rRNA时，比对的结果不太一样呢？应该按照哪个啊？
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1楼 2012-08-01 10:16:03
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chenyishan

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-08-01 14:07:46
mahoumeimei: 金币+3, 那应该按照哪种呢？ 2012-08-01 21:57:10
你第一种方法选取的检索范围限定在16s rRNA范围，几乎都是已经分离得到的菌株，第二种限定的检索范围更大，把人家研究环境中微生物用克隆文库得到的序列也检索出来了，这当然很正常。因为第二种检索的细菌和古菌包括不可培养的。
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我实际上不是新虫子，只是来的时间太少！
2楼2012-08-01 13:39:47
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zmw_520

禁虫 (小有名气)
感谢参与，应助指数 +1
本帖内容被屏蔽
3楼2012-08-01 15:36:46
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boyx

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
mahoumeimei: 金币+1, 关键是我不知道该用哪种啊 2012-08-01 22:15:49
一楼的说的好，楼主你要知道，（nr/nt）的范围比16srRNA的范围要大很多啊
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自由之思想，独立之灵魂
4楼2012-08-01 16:16:36
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chenyishan

木虫 (正式写手)
如果你用16S方法鉴定菌种的话，只能鉴定到属。你的目的已经达到了。要进一步鉴定到种的话，还得按照传统的方法来做生理生化等方面的实验。也就是说16S是鉴定不到种的。
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我实际上不是新虫子，只是来的时间太少！
5楼2012-08-01 20:57:21
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