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wendy76

银虫 (小有名气)

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[交流] 这样的序列比对结果在基因组中的拷贝数是1个还是2个？

Sample Text这样的比对结果表明，序列在基因组中的拷贝数，是1个还是2个？都在2号染色体，怎么判断是1个拷贝还是2个拷贝？这两个参考序列难道是同一条序列？

为什么在参考序列1（ref|NT_005403.17）中，该序列在18703 bp at 5' side Hox-D8 ，1222 bp at 3' side:Hox-D4
而在参考序列2（ref|NW_001838863.1）中，该序列在18699 bp at 5' sideHox-D8 ，1222 bp at 3' side:Hox-D4

blast hits 有2条：显示如下：
两条序列都100%比对上，
（1）>ref|NT_005403.17|

Homo sapiens chromosome 2 genomic contig, GRCh37.p5 Primary AssemblyLength=84213159
Features flanking this part of subject sequence: 18703 bp at 5' side: homeobox protein Hox-D8 isoform 31222 bp at 3' side: homeobox protein Hox-D4
Score = 182 bits (98), Expect = 6e-44 Identities = 98/98 (100%), Gaps = 0/98 (0%) Strand=Plus/Plus

（2）>ref|NW_001838863.1| Homo sapiens chromosome 2 genomic contig, alternate assembly HuRef SCAF_1103279188396, whole genome shotgun sequenceLength=44081246
Features flanking this part of subject sequence: 18699 bp at 5' side: homeobox protein Hox-D8 isoform 31222 bp at 3' side: homeobox protein Hox-D4 Score = 182 bits (98), Expect = 6e-44 Identities = 98/98 (100%), Gaps = 0/98 (0%) Strand=Plus/Plus

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