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如何做一个基因的荧光定量pcr,从目的基因的查找，引物设计，... 已有1人参与
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如何做一个基因的荧光定量pcr,从目的基因的查找，引物设计，到做一个完整的荧光定量pcr具体的步骤。万分感谢 。跪求。 发自小木虫Android客户端 |
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莫等闲111
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3楼2017-02-13 22:30:46
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【答案】应助回帖
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西门吹雪170: 金币+5, 鼓励热心回帖交流 2017-02-13 23:01:41
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1、总RNA抽提（枪头和离心管均经过湿热灭菌，无RNA酶） 1）取匀浆器，加入1ml的Trizol Reagent，置冰上预冷。 2）取100mg组织，加入到匀浆器中。 3）充分研磨直至无可见组织块。 4）13000g离心10min取上清。 5）加入250 μl三氯甲烷，颠倒离心管15s，充分混匀，静置3min。 6）4℃下13000g离心8min。 7）将上清转移到一新的离心管中，加入0.8倍体积的异丙醇，颠倒混匀。 8）-20℃放置15min。 9）4℃下13000g离心10min，管底的白色沉淀即为RNA。 10）吸除液体，加入75%乙醇1.5ml洗涤沉淀。 11）4℃下13000g离心5min。 12）将液体吸除干净，将离心管置于超净台上吹3min。 13）加入20μl无RNA酶的水溶解RNA。 14）55℃孵育5min。 2、反转录（枪头和PCR均经过湿热灭菌，无RNA酶） 1）取一PCR管，加入含2μg RNA的溶液。 2）加入1μl oligo(dT)15。 3）用无核糖核酸酶的去离子水补足至12μl。 4）于PCR仪上70℃保温5min，迅速置冰上冷却。 5）依次加入4μl 5×buffer，2μl 10mM dNTPs，1μl RNA inhibitor和1μl 反转录酶，用枪抽吸混匀。 6）于PCR仪上42℃保温60min，结束后80℃保温5min灭活反转录酶。 3、定量PCR 1）取0.2ml PCR管，配制如下反应体系，每个反转录产物配制3管。 2× qPCR Mix 12.5μl 7.5μM基因引物 2.0μl 反转录产物 2.5μl ddH2O 8.0μl 2）取0.2ml PCR管，配制如下反应体系，每个反转录产物配制3管。 2×qPCR Mix 12.5μl 7.5μM内参引物 2.0μl 反转录产物 2.5μl ddH2O 8.0μl 3）PCR扩增 预变性 95℃，10min 循环（40次） 95℃，15s→60℃，60s 溶解曲线 75℃→95℃，每20s升温1℃ 4、结果处理 ΔΔCT法： A=CT(目的基因，待测样本)- CT(内标基因，待测样本) B=CT(目的基因，对照样本)- CT(内标基因，对照样本) K=A-B 表达倍数=2-K 注意事项 1、长度：15—30bp。 2、G十c含量：应在40%一60%之间。 3、碱基分布的随机性 4、引物自身：最好不要含有自身互补序列，否则会形成发夹样二级结构。 5、引物之间：两个引物之间不应有多于4个的互补或同源碱基，不然会形成引物二聚体，尤应避免3’端的互补重叠。 6、上下游引物的互补性：一个引物的3‘末端序列不允许结合到另一个引物的任何位点上。 7、3’末端：如果可能的话，每个引物的3‘末端碱基应为G或C。 8、设计RT-PCR的引物时，上下游引物要跨内含子，以消除基因组DNA的干扰。 9、引物设计好后再NCBI上进行序列比对，检查是否可能有错配产物扩增。 10、引物设计要注意种属。 |
2楼2017-02-13 22:27:58
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