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新虫 (小有名气)

[求助] PCR没有目的条带,引物二聚体很明显 已有1人参与

程序是95℃5min     95℃30s   60℃30s    72℃5min   32个循环    72℃延伸7min,目的条带4200bp,第一次很亮,后来带就不明显了,送原液测序不行,现在带都没了。求助该怎么改进

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lvshilu

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2016-08-12 22:32:55
您好!PCR的问题向来号称最简单也最复杂。您这种情况,从您“第一次很亮”的描述来看,引物是匹配的,条件是可以的,后面重复实验扩不出来,则有可能是引物降解、模板降解、酶活失效等原因。个人认为模板降解的可能性最大。
但是如果“第一次很亮”是一种赝像,那您就需要仔细排查引物的设计,扩增条件的设定,模板的质量等所有体系因素了。通常的,换引物比较常见;扩增不出来时,降低退火温度到50℃也是可以尝试的;当然,模板的质量还是要讨论的,可以跑下胶,测下浓度什么的。通常酶失活的情况少见,但有条件的话,找一管阳性的酶试试,说不定有帮助呢。
总之,要设计对比实验对各种因素排查,有问题可以再交流。祝好运!

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需要金币
2楼2016-07-20 16:58:53
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1257851289

新虫 (小有名气)

送红花一朵
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2楼: Originally posted by lvshilu at 2016-07-20 16:58:53
您好!PCR的问题向来号称最简单也最复杂。您这种情况,从您“第一次很亮”的描述来看,引物是匹配的,条件是可以的,后面重复实验扩不出来,则有可能是引物降解、模板降解、酶活失效等原因。个人认为模板降解的可能 ...

嗯嗯。谢谢,我仔细找找原因

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3楼2016-07-20 20:06:19
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MMCCBB

新虫 (著名写手)

你选择哪个公司的酶,叫什么?有没有其它PCR仪,可以换个PCR仪试试。

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4楼2016-07-20 20:21:31
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1257851289

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by MMCCBB at 2016-07-20 20:21:31
你选择哪个公司的酶,叫什么?有没有其它PCR仪,可以换个PCR仪试试。

宝生物的,好像是la taq 。有,都用过。

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5楼2016-07-20 21:40:19
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MMCCBB

新虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 1257851289 at 2016-07-20 21:40:19
宝生物的,好像是la taq 。有,都用过。
...

建议买Super HiFi 酶试试 使用98℃的反应

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6楼2016-07-20 22:10:45
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1257851289

新虫 (小有名气)

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6楼: Originally posted by MMCCBB at 2016-07-20 22:10:45
建议买Super HiFi 酶试试 使用98℃的反应
...

我只是本科实习生,师姐给用啥就用啥

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7楼2016-07-20 22:21:20
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MMCCBB

新虫 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 1257851289 at 2016-07-20 22:21:20
我只是本科实习生,师姐给用啥就用啥
...

好的,记得可以这么分析

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8楼2016-07-20 22:30:52
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1257851289

新虫 (小有名气)

送红花一朵
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8楼: Originally posted by MMCCBB at 2016-07-20 22:30:52
好的,记得可以这么分析
...

嗯嗯,谢谢。

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9楼2016-07-20 22:33:08
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huxiangyu

铁虫 (小有名气)

宝生物的这个酶还是挺好的,没问题。发一下你的扩增体系吧,还有引物序列

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分子生物学专业,希望和大家深入交流
10楼2016-07-21 03:28:20
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