洗脱是用95%乙醇洗脱的，目标化合物溶于水不溶于甲醇，但现在还不确定是什么物质

说明你要的成分极性大，用水溶解上样，控制好上样量和上样速度，然后用醇-水梯度洗脱，逐渐增加醇的量，然后检测你的目标成分在那个极性段下来，再细化就行了。如果在大孔树脂上完全不能被吸附，那就换别的填料。