商业化的分子伴侣是构建在一个单独的质粒上的，比如Takara的pG-KJE8、pG-Tf2、pGro7等等。它们的复制起始位点来自于pACYC。
具有不同复制子的质粒可以在细胞中稳定共存，而具有相同复制子的不同质粒，细胞就无法对其进行区分识别并在分裂的时候将两类质粒平均分配到子细胞中，所以若干代以后某些细胞就会只有一种质粒。但是质粒不相容性的定义有一个前提条件：在没有选择压力的情况下。比如如果两个质粒带不同抗性基因，那么即使是同种质粒也能在单个细胞中共存，因为在选择压力下质粒丢失也就意味着被淘汰，所以也能共存并正常表达双蛋白。
分子伴侣不适合选用pET系列构建，因为T7系统太强，会过表达竞争目的蛋白资源，影响目的蛋白表达量。商业化的质粒一般用araB和Pzt-1启动子起始转录，以便于调控分子伴侣的表达量。
前面说的是商业化产品，构建到单独质粒上能更好地满足不同客户的需求。但你个人也可以自己设计，将目的蛋白与分子伴侣插入同一质粒，可以用两个不同的启动子，也可以都用T7启动子，或者用一个T7启动子构建顺反子表达也可以，看你实际需求。

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分子伴侣的表达质粒，其复制子跟大部分大肠杆菌表达质粒都不同。