如何判断小分子化合物阻碍了两个蛋白的结合？
生物新手，诸多不懂，请多包涵~~
目前已知A（跨膜蛋白）和B(分泌酶)结合，A是B复合物的一部分，A 可以调节B的活性，现在我筛选到一个小分子化合物，体外验证了该化合物能够阻碍A和B的结合，请问下一步该怎么做呢？
1.已知A和B的作用位点是B上的BS1区域，如果最终目的是想要确定该小分子化合物是存在潜在药物活性的小分子，我应该怎么去验证啊？细胞内和小鼠模型中？
2.还需要对A蛋白进行基因敲除确定A上的哪一部分与小分子作用阻止了A与B的结合么?
3.基因敲除和基因突变在功能验证上有什么区别么？
有懂得多的大佬可以帮我全部回答，有只能回答一部分问题的也可以回答，我都会给金币！！！！！
谢谢各位兄弟姐妹的帮助~~在线等，挺急的
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京公网安备 11010802022153号
既然你已经体外验证出来小分子会抑制A-B相互作用了，体内实验就不用纠结这一点了。
接下来可以验证小分子会影响A-B相互结合所导致的下游信号通路或基因表达的变化。在敲除A或B的细胞里，小分子不会影响这些下游信号通路或基因表达，进而证明小分子是依赖于A或B发挥作用的。
另外如果一个小分子可以抑制A和B的相互作用，大多数情况是不会既和A结合也和B结合的。你可以进一步研究小分子是和A结合，还是和B结合。
非常感谢，因为A和B的结合作用文献中已经有报道，A调节B的活性引起B去剪切某个蛋白产生活性，那么下游信号通路或者基因表达变化还需要验证么
，
"A调节B的活性引起B去剪切某个蛋白产生活性"：那你就看看加了小分子以后，蛋白的剪切是不是被抑制了。剪切激活了某一种蛋白也必然带来下游通路的变化，剪切被抑制了就逆转了这一变化。