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求助单茂金属配合物的过渡态,茂环不旋转的问题

作者 wangyinran
来源: 小木虫 150 3 举报帖子
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寻找烯烃配位到单茂金属配合物上的过渡态,由于茂环不是对称的,环戊二烯上取代了四个甲基和一个三甲基硅基,我在寻找过渡态时,看优化过程发现茂环并没有沿着茂环中点与中心金属的连线转动,尽管这样找出来的过渡态的振动方向和IRC都符合预期。但茂环的位置会影像能量计算,怎样才能找到最低点呢?
输入文件和输出文件已经提供。
求解该如何应对?

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  • 精华评论
  • paramecium86

    原理上来说 IRC曲线是沿着反应方向维度的势能曲线。而在其它坐标维度上应该就是最低点,既然曲线上不发生旋转,很大可能就是本来就是处于最稳定的位置了。你可以对当前的过渡态的结构做一个刚性扫描看看。人为的旋转一下那个环 算算不同结构下的单点能 看看能量怎么变化。

  • paramecium86

    引用回帖:
    3楼: Originally posted by wangyinran at 2020-07-17 12:02:44
    人为旋转过,能量确实有变化。具体为向左旋转90度,再计算过渡态,发现优化过程中茂环没有旋转,位阻会导致茂环上的取代基键角变化,能量增加了1.5kcal/mol。其他角度还没试。我不想人为地去一点点的调角度。
    如何 ...

    只要你IRC两侧的中间体已经处于能量最低点 (这个只能用刚性扫描去转角度验证。 相当于就是找能量最低的构象。) 那么整个IRC这条曲线上的所有点就都会是在在旋转二面角这个维度上的能量最低点了。并不需要一一验证这条IRC上的所有点了

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