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wangyinran金虫 (小有名气)
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求助单茂金属配合物的过渡态，茂环不旋转的问题 已有1人参与
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寻找烯烃配位到单茂金属配合物上的过渡态，由于茂环不是对称的，环戊二烯上取代了四个甲基和一个三甲基硅基，我在寻找过渡态时，看优化过程发现茂环并没有沿着茂环中点与中心金属的连线转动，尽管这样找出来的过渡态的振动方向和IRC都符合预期。但茂环的位置会影像能量计算，怎样才能找到最低点呢？ 输入文件和输出文件已经提供。 求解该如何应对？ |
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2020-07-17 16:30:17, 3.68 M
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paramecium86
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2楼2020-07-17 23:52:08
wangyinran
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人为旋转过，能量确实有变化。具体为向左旋转90度，再计算过渡态，发现优化过程中茂环没有旋转，位阻会导致茂环上的取代基键角变化，能量增加了1.5kcal/mol。其他角度还没试。我不想人为地去一点点的调角度。 如何确定最低点？当前无法做刚性扫描，是因为需要在茂环中心设置一个虚原子，保存为内坐标后无法找到对应的二面角，在atom list里也无法将虚原子添加到我想要的二面角里。 发自小木虫Android客户端 |
3楼2020-07-18 01:02:44
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4楼2020-07-18 01:23:04
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