动力学处理是指?

你这个pdb文件中配体和受体还是两个分子，不是一个复合物，所以没法进行后续的计算。你只要选中配体，把它拖到受体ID下面就可以了，这样就是一个复合物了。

你好，我想问下我同源建模出来的结构与配体不在CDR区对接上，而在其他的空腔对接，请问这是什么原因呢？

用pymol 可以直接把两个对象存为一体。其次，可以手动用任何txt编辑工具把.pdb文件里chain name都改成一样的A 链或者都改成B

楼主这个问题我在一个微信学术交流群见过。。。需要将两者合并到同一个model里，方法很简单，用文本编辑器打开pdb文件，删掉MODEL和ENDMDL行就行了。