从PDB下载了一个蛋白结构,但是PDB文件的蛋白结构本身含有小分子配体,我准备对接一个其他的小分子,请教各位大神,原来这个配体怎么去掉,是直接delete吗?还是要设置一些参数呢?谢谢 返回小木虫查看更多
第一:可以下载PyMol软件,里面可以去除蛋白质的水分子、配体,教程网上都有; 第二:分子对接软件AutoDock也可以去除配体。 第三:B站上有很多这样的视频。
不用删除啊,当选择对接的配体文件时导入想对接的小分子
有没有熟悉YASARA的大神,求助
可以用【处理PDB结构】小工具来处理,非常方便,百度搜一下就有了。
yasara怎么安装foldx插件,有偿
第一:可以下载PyMol软件,里面可以去除蛋白质的水分子、配体,教程网上都有;
第二:分子对接软件AutoDock也可以去除配体。
第三:B站上有很多这样的视频。
不用删除啊,当选择对接的配体文件时导入想对接的小分子
就是原本晶体结构中有一个小分子,它占据了蛋白结合的位置,我想把原来这个小子去掉,对接一个其他的分子,
主要手里有这个软件,老板也让学这个软件,我是一点也不懂,所以求教
,
有没有熟悉YASARA的大神,求助
可以用【处理PDB结构】小工具来处理,非常方便,百度搜一下就有了。
yasara怎么安装foldx插件,有偿