24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 2163  |  回复: 7

chemstudent

木虫 (小有名气)

[求助] YASARA对接-受体蛋白准备已有1人参与

从PDB下载了一个蛋白结构,但是PDB文件的蛋白结构本身含有小分子配体,我准备对接一个其他的小分子,请教各位大神,原来这个配体怎么去掉,是直接delete吗?还是要设置一些参数呢?谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

痴槑

新虫 (初入文坛)

第一:可以下载PyMol软件,里面可以去除蛋白质的水分子、配体,教程网上都有;
第二:分子对接软件AutoDock也可以去除配体。
第三:B站上有很多这样的视频。
2楼2020-05-28 10:15:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shentt2019

新虫 (小有名气)

不用删除啊,当选择对接的配体文件时导入想对接的小分子

发自小木虫Android客户端
3楼2020-05-28 10:37:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemstudent

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by shentt2019 at 2020-05-28 10:37:08
不用删除啊,当选择对接的配体文件时导入想对接的小分子

就是原本晶体结构中有一个小分子,它占据了蛋白结合的位置,我想把原来这个小子去掉,对接一个其他的分子,
4楼2020-05-28 21:10:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemstudent

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 痴槑 at 2020-05-28 10:15:52
第一:可以下载PyMol软件,里面可以去除蛋白质的水分子、配体,教程网上都有;
第二:分子对接软件AutoDock也可以去除配体。
第三:B站上有很多这样的视频。

主要手里有这个软件,老板也让学这个软件,我是一点也不懂,所以求教,,,,
5楼2020-05-28 21:11:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemstudent

木虫 (小有名气)

有没有熟悉YASARA的大神,求助
6楼2020-05-30 13:54:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cngdkpmg

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

可以用【处理PDB结构】小工具来处理,非常方便,百度搜一下就有了。
7楼2021-11-26 18:59:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Phama man

新虫 (小有名气)

yasara怎么安装foldx插件,有偿

发自小木虫Android客户端
8楼2022-01-04 11:38:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 chemstudent 的主题更新
信息提示
请填处理意见