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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » YASARA对接-受体蛋白准备
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chemstudent

木虫 (小有名气)

[求助] YASARA对接-受体蛋白准备 已有1人参与

从PDB下载了一个蛋白结构，但是PDB文件的蛋白结构本身含有小分子配体，我准备对接一个其他的小分子，请教各位大神，原来这个配体怎么去掉，是直接delete吗？还是要设置一些参数呢？谢谢
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1楼 2020-05-27 20:55:42
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痴槑

新虫 (初入文坛)
第一：可以下载PyMol软件，里面可以去除蛋白质的水分子、配体，教程网上都有；
第二：分子对接软件AutoDock也可以去除配体。
第三：B站上有很多这样的视频。
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2楼2020-05-28 10:15:52
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shentt2019

新虫 (小有名气)
不用删除啊，当选择对接的配体文件时导入想对接的小分子

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3楼2020-05-28 10:37:08
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chemstudent

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by shentt2019 at 2020-05-28 10:37:08
不用删除啊，当选择对接的配体文件时导入想对接的小分子

就是原本晶体结构中有一个小分子，它占据了蛋白结合的位置，我想把原来这个小子去掉，对接一个其他的分子，
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4楼2020-05-28 21:10:12
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chemstudent

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 痴槑 at 2020-05-28 10:15:52
第一：可以下载PyMol软件，里面可以去除蛋白质的水分子、配体，教程网上都有；
第二：分子对接软件AutoDock也可以去除配体。
第三：B站上有很多这样的视频。

主要手里有这个软件，老板也让学这个软件，我是一点也不懂，所以求教，，，，
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5楼2020-05-28 21:11:27
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chemstudent

木虫 (小有名气)
有没有熟悉YASARA的大神，求助
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6楼2020-05-30 13:54:55
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cngdkpmg

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

可以用【处理PDB结构】小工具来处理，非常方便，百度搜一下就有了。
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7楼2021-11-26 18:59:07
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Phama man

新虫 (小有名气)
yasara怎么安装foldx插件，有偿

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8楼2022-01-04 11:38:34
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