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chemstudent

木虫 (小有名气)

[求助] YASARA对接-受体蛋白准备 已有1人参与

从PDB下载了一个蛋白结构,但是PDB文件的蛋白结构本身含有小分子配体,我准备对接一个其他的小分子,请教各位大神,原来这个配体怎么去掉,是直接delete吗?还是要设置一些参数呢?谢谢
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Phama man

新虫 (小有名气)

8楼2022-01-04 11:38:34
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痴槑

新虫 (初入文坛)

第一:可以下载PyMol软件,里面可以去除蛋白质的水分子、配体,教程网上都有;
第二:分子对接软件AutoDock也可以去除配体。
第三:B站上有很多这样的视频。
2楼2020-05-28 10:15:52
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shentt2019

新虫 (小有名气)

不用删除啊,当选择对接的配体文件时导入想对接的小分子

发自小木虫Android客户端
3楼2020-05-28 10:37:08
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chemstudent

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by shentt2019 at 2020-05-28 10:37:08
不用删除啊,当选择对接的配体文件时导入想对接的小分子

就是原本晶体结构中有一个小分子,它占据了蛋白结合的位置,我想把原来这个小子去掉,对接一个其他的分子,
4楼2020-05-28 21:10:12
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