关于分子对接前,金属蛋白酶的预处理问题,急求解答
请问分子对接前处理金属蛋白酶,必须提前做氨基酸质子化那些么?我是用Autodock Tool处理蛋白,目前只做了加氢,计算电荷等不走,不知道还需要做哪些步骤进行优化更好?
还有一个问题就是关于金属电荷,autodocktool识别不了金属离子,然后我是在pdbqt文件手动加上了电荷,但是,在做对接时根本用不了,说无效文件,请问有谁指导该怎么处理么?
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请问分子对接前处理金属蛋白酶,必须提前做氨基酸质子化那些么?我是用Autodock Tool处理蛋白,目前只做了加氢,计算电荷等不走,不知道还需要做哪些步骤进行优化更好?
还有一个问题就是关于金属电荷,autodocktool识别不了金属离子,然后我是在pdbqt文件手动加上了电荷,但是,在做对接时根本用不了,说无效文件,请问有谁指导该怎么处理么?
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autodock有啥意思
能量最小化
需要增加金属离子参数
你好,请问处理金属蛋白需不需要对某些氨基酸质子化,还是可以直接计算电荷添加金属离子参数后直接做对接
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你说的能量最小化,是在Autodocktool软件中进行么?具体操作是怎样的?
你说的能量最小化,是在Autodocktool软件中进行么?具体操作是怎样的?