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关于分子对接前,金属蛋白酶的预处理问题,急求解答

作者 Yongqi琦
来源: 小木虫 550 11 举报帖子
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请问分子对接前处理金属蛋白酶,必须提前做氨基酸质子化那些么?我是用Autodock Tool处理蛋白,目前只做了加氢,计算电荷等不走,不知道还需要做哪些步骤进行优化更好?
还有一个问题就是关于金属电荷,autodocktool识别不了金属离子,然后我是在pdbqt文件手动加上了电荷,但是,在做对接时根本用不了,说无效文件,请问有谁指导该怎么处理么?
谢谢各位大佬指导 返回小木虫查看更多

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  • 精华评论
  • 小木翔AI

    autodock有啥意思

  • 小木翔AI

    能量最小化

  • longytu

    需要增加金属离子参数

  • Yongqi琦

    引用回帖:
    4楼: Originally posted by longytu at 2020-04-25 05:50:51
    需要增加金属离子参数

    你好,请问处理金属蛋白需不需要对某些氨基酸质子化,还是可以直接计算电荷添加金属离子参数后直接做对接

  • Yongqi琦

    引用回帖:
    3楼: Originally posted by 小木翔AI at 2020-04-24 18:41:37
    能量最小化

    你说的能量最小化,是在Autodocktool软件中进行么?具体操作是怎样的?

  • Yongqi琦

    引用回帖:
    3楼: Originally posted by 小木翔AI at 2020-04-24 18:41:37
    能量最小化

    你说的能量最小化,是在Autodocktool软件中进行么?具体操作是怎样的?

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