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Yongqi琦

铁虫 (初入文坛)

[求助] 关于分子对接前,金属蛋白酶的预处理问题,急求解答 已有1人参与

请问分子对接前处理金属蛋白酶,必须提前做氨基酸质子化那些么?我是用Autodock Tool处理蛋白,目前只做了加氢,计算电荷等不走,不知道还需要做哪些步骤进行优化更好?
还有一个问题就是关于金属电荷,autodocktool识别不了金属离子,然后我是在pdbqt文件手动加上了电荷,但是,在做对接时根本用不了,说无效文件,请问有谁指导该怎么处理么?
谢谢各位大佬指导
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小木翔AI

新虫 (著名写手)

3楼2020-04-24 18:41:37
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小木翔AI

新虫 (著名写手)

2楼2020-04-24 18:39:26
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)


4楼2020-04-25 05:50:51
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Yongqi琦

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by longytu at 2020-04-25 05:50:51
需要增加金属离子参数

你好,请问处理金属蛋白需不需要对某些氨基酸质子化,还是可以直接计算电荷添加金属离子参数后直接做对接
5楼2020-04-25 10:39:35
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