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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 关于分子对接前，金属蛋白酶的预处理问题，急求解答
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Yongqi琦

铁虫 (初入文坛)

[求助] 关于分子对接前，金属蛋白酶的预处理问题，急求解答 已有1人参与

请问分子对接前处理金属蛋白酶，必须提前做氨基酸质子化那些么？我是用Autodock Tool处理蛋白，目前只做了加氢，计算电荷等不走，不知道还需要做哪些步骤进行优化更好？
还有一个问题就是关于金属电荷，autodocktool识别不了金属离子，然后我是在pdbqt文件手动加上了电荷，但是，在做对接时根本用不了，说无效文件，请问有谁指导该怎么处理么？
谢谢各位大佬指导
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1楼 2020-04-24 17:28:47
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小木翔AI

新虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by Yongqi琦 at 2020-04-25 11:20:39
你是用什么软件处理蛋白的，介绍一下...

schrodinger里面的protein preparation wizard

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10楼2020-04-25 11:24:34
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小木翔AI

新虫 (著名写手)
autodock有啥意思

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2楼2020-04-24 18:39:26
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小木翔AI

新虫 (著名写手)
能量最小化

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3楼2020-04-24 18:41:37
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)
需要增加金属离子参数

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4楼2020-04-25 05:50:51
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Yongqi琦

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by longytu at 2020-04-25 05:50:51
需要增加金属离子参数

你好，请问处理金属蛋白需不需要对某些氨基酸质子化，还是可以直接计算电荷添加金属离子参数后直接做对接
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5楼2020-04-25 10:39:35
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Yongqi琦

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 小木翔AI at 2020-04-24 18:41:37
能量最小化

你说的能量最小化，是在Autodocktool软件中进行么？具体操作是怎样的？
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6楼2020-04-25 10:41:01
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Yongqi琦

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 小木翔AI at 2020-04-24 18:41:37
能量最小化

你说的能量最小化，是在Autodocktool软件中进行么？具体操作是怎样的？
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7楼2020-04-25 10:41:04
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小木翔AI

新虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by Yongqi琦 at 2020-04-25 10:41:04
你说的能量最小化，是在Autodocktool软件中进行么？具体操作是怎样的？...

我没用过autodock

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8楼2020-04-25 10:59:04
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Yongqi琦

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 小木翔AI at 2020-04-25 10:59:04
我没用过autodock
...

你是用什么软件处理蛋白的，介绍一下
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9楼2020-04-25 11:20:39
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