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Yongqi琦

铁虫 (初入文坛)

[求助] 关于分子对接前,金属蛋白酶的预处理问题,急求解答 已有1人参与

请问分子对接前处理金属蛋白酶,必须提前做氨基酸质子化那些么?我是用Autodock Tool处理蛋白,目前只做了加氢,计算电荷等不走,不知道还需要做哪些步骤进行优化更好?
还有一个问题就是关于金属电荷,autodocktool识别不了金属离子,然后我是在pdbqt文件手动加上了电荷,但是,在做对接时根本用不了,说无效文件,请问有谁指导该怎么处理么?
谢谢各位大佬指导
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小木翔AI

新虫 (著名写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by Yongqi琦 at 2020-04-25 11:20:39
你是用什么软件处理蛋白的,介绍一下...

schrodinger里面的protein preparation wizard

发自小木虫Android客户端
10楼2020-04-25 11:24:34
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普通回帖

小木翔AI

新虫 (著名写手)

2楼2020-04-24 18:39:26
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小木翔AI

新虫 (著名写手)

3楼2020-04-24 18:41:37
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)


4楼2020-04-25 05:50:51
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Yongqi琦

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by longytu at 2020-04-25 05:50:51
需要增加金属离子参数

你好,请问处理金属蛋白需不需要对某些氨基酸质子化,还是可以直接计算电荷添加金属离子参数后直接做对接
5楼2020-04-25 10:39:35
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Yongqi琦

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 小木翔AI at 2020-04-24 18:41:37
能量最小化

你说的能量最小化,是在Autodocktool软件中进行么?具体操作是怎样的?
6楼2020-04-25 10:41:01
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Yongqi琦

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 小木翔AI at 2020-04-24 18:41:37
能量最小化

你说的能量最小化,是在Autodocktool软件中进行么?具体操作是怎样的?
7楼2020-04-25 10:41:04
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小木翔AI

新虫 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by Yongqi琦 at 2020-04-25 10:41:04
你说的能量最小化,是在Autodocktool软件中进行么?具体操作是怎样的?...

我没用过autodock

发自小木虫Android客户端
8楼2020-04-25 10:59:04
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Yongqi琦

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 小木翔AI at 2020-04-25 10:59:04
我没用过autodock
...

你是用什么软件处理蛋白的,介绍一下
9楼2020-04-25 11:20:39
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