Autodock进行docking时无法导入蛋白pdbqt文件
蛋白和配体都已经准备好并且保存成pdbqt格式;Grid时打开蛋白pdbqt文件,会出现下图1的提示框,但是按确定键后也能正常设置box。
继续运行docking程序时,按docking>Macromolecule>Set rigid Filename...>,选择蛋白质的pdbqt文件,却无法导入蛋白,PMV窗口中也看不到蛋白分子;但是配体分子却能正常导入。
如果跳过该问题继续设置计算参数并进行对接,最后虽然也能导出dlg文件,但是在Autodock上无法打开该文件,显示是error(下图2)。
本人是初学autodock的新人,希望有高手指教!
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重启软件试试
你的文件存储路径或者文件名是不是都是字母,如果出现中文字或者文件名有空格都会报错
您好,请问您会用autodock将金属离子和蛋白质进行对接吗?查了好多东西,均未果。感谢您
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MGLTools经常出错的,改用DOCK 6.9吧,强太多了,网上有一些教程,百度搜索【蛋白/核酸/多肽-小分子对接(DOCK6)】就有了。不用安装软件,对接完还能直接出图。