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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 同源性与进化树的矛盾
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秋电工

新虫 (小有名气)

[交流] 同源性与进化树的矛盾

问题：分离到三个植物病原菌：1，2，3。在NCBI上blast后，结果分别为：1和欧文氏属某种同源性为98％，2和假单胞菌属某种同源性为98％，3和黄单胞菌属某种同源性为99％。再用mega 4.1构建进化树的时候，是1和2在一个分支里，bootstrapt 值为84，再和假单胞菌属构成另一个分支，bootstrapt 值为99。想请教一下，相似性更高的1和欧文氏属某种，2和假单胞菌属某种为什么不在一个分支里，这样的进化树和相似性比较是不是有矛盾，折腾半天也不大明白，请问各位看看怎么解释这种现象，谢谢！
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1楼 2011-04-24 23:19:12
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
秋电工(金币+1): 哦，哦，明白了 2011-04-26 16:34:33
scelab(金币+5, EPI+1): 很好很强大 2011-04-27 08:38:40
建MEGA树的话，alignment是必须的，align by clustalw之后，你会看到有些序列首尾并不是一致的，如下图1，要截成下面的样子，如图2；首尾多的序列都要去掉；
长枝吸引就是指，建树时，由于序列没有截成首尾一致，有几条序列可能由于碱基较多而得到的距离分值比短的大，尽管相似性不是最高的，但是也聚在了一起。举个简单的例子：
下面序列：
>1
AAAAAAAAAAAAAAAAA
>2
AAAAAC
>3
ACCCACCCCACCCAAC
一看就可以知道1和2近一些，但是由于1和3长度差不多，可能建树算分的时候，1和3得到的比分比1和2的大，那软件就会认为1和3近了……
可能还有一些更深层的原因，个有能力有限，仅知道这一点，书和文献的话，找系统发育中英文关键词都可以找到一些吧……
把相关区域剪开，再粘起来，就是拼序列吧，如果序列不是很多的话，你可以用复制粘贴搞定
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9楼2011-04-26 16:03:36
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秋电工

新虫 (小有名气)
唉，木有人理了
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2楼2011-04-25 13:26:29
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newtime007

木虫 (正式写手)
★
秋电工(金币+1):谢谢参与
不是太懂，帮你顶顶吧！
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3楼2011-04-25 15:22:05
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
★
秋电工(金币+1):谢谢参与
你是怎么知道同源性为98%和99%的？
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4楼2011-04-25 16:44:13
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秋电工

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-04-25 16:44:13:
你是怎么知道同源性为98%和99%的？

禀xp198766，同源性是在NCBI中两两比对得出的
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5楼2011-04-26 10:11:08
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
★
秋电工(金币+5): 2011-04-26 15:24:55
wolfebst(金币+1): 鼓励交流 2011-04-26 15:48:19
NCBI的结果有相似度和覆盖度；
你做树的时候，有没有将序列首尾截齐，有没有可能出现长枝吸引，还有，我觉得使用不同的罚分矩阵，是不是也有影响……
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6楼2011-04-26 11:12:36
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zhongfeng

铜虫 (初入文坛)
★
秋电工(金币+1):谢谢参与
看看是不是你的序列反向了，
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7楼2011-04-26 11:13:12
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秋电工

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-04-26 11:12:36:
NCBI的结果有相似度和覆盖度；
你做树的时候，有没有将序列首尾截齐，有没有可能出现长枝吸引，还有，我觉得使用不同的罚分矩阵，是不是也有影响……

嗯，就是总分，相似度，覆盖率，国内很多文献都把最大相似度等同与同源性，没有考究其中科学性，也跟着这么说了。
序列首尾截齐?我也不知道我是否有做过这一步，在坛子里看见有师兄说mega4.0里整合了CLUSTAL，用mega4.0建的，Align by clustalW，这样算截过吗？
要是我这样不算截过，我应该用什么软件去截？截多少才算？
另外，呃，生性愚钝，您能解释下长枝吸引吗？隐隐觉得，这个很有可能。或者介绍本书或文献给我？昨天去邻校请教某博士，他说可能是保守区和可变区个数不一样，建议我把这两区域剪开，粘起来，再建树。非生物专业，该师兄建议实施起来有点举步维艰。
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8楼2011-04-26 15:40:06
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
秋电工(金币+1): 太感谢你了 2011-04-26 16:36:46
引用回帖:
Originally posted by 秋电工 at 2011-04-26 15:40:06:
嗯，就是总分，相似度，覆盖率，国内很多文献都把最大相似度等同与同源性，没有考究其中科学性，也跟着这么说了。
序列首尾截齐?我也不知道我是否有做过这一步，在坛子里看见有师兄说mega4.0里整合了CLUSTAL， ...

图片如下：
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10楼2011-04-26 16:04:10
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秋电工

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-04-26 16:04:10:
图片如下：



敢问您这是用什么软件截的？
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11楼2011-04-26 18:10:45
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
。。。。。我用是Jaview，装不了bioedit，用ubuntu自带的屏幕截图。。。
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12楼2011-04-26 18:30:53
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秋电工

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-04-26 18:30:53:
。。。。。我用是Jaview，装不了bioedit，用ubuntu自带的屏幕截图。。。

哎呀，难为情，我没问清楚呢，不是说截图，我想试试把序列截齐后再建树看看，您用的是什么软件把序列截齐的？
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13楼2011-04-26 18:40:44
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
bioedit蛮好用的，我觉得……
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14楼2011-04-26 19:53:46
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秋电工

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-04-26 19:53:46:
bioedit蛮好用的，我觉得……

谢谢大牛XP！下了个bioedit7.0.9，也看到相关说明书，我的资质估计今晚参透它很难。明儿见老师，能不能偷个懒请XP告诉我截齐序列的步骤？很想看看这棵树到底是什么原因这么矛盾的.
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15楼2011-04-26 20:25:48
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
scelab(金币+3): 谢谢热心回复 2011-04-27 08:39:39
不敢不敢，我只是看到别人这么用的，bioedit左上角，有一个选项，你设成edit，就可以编辑序列了，你先alignment，之后，就可以直接删除前后序列了，再保存就行了。。。很方便的，界面很友好
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16楼2011-04-26 20:36:17
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秋电工

新虫 (小有名气)
★ ★
scelab(金币+2): 有问有答才能释疑解惑~~~ 2011-04-27 08:40:23
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-04-26 20:36:17:
不敢不敢，我只是看到别人这么用的，bioedit左上角，有一个选项，你设成edit，就可以编辑序列了，你先alignment，之后，就可以直接删除前后序列了，再保存就行了。。。很方便的，界面很友好

谦虚了，您确实解释了我很多的疑惑。bioedit第一次用，把TXT格式序列导入进去后，select all，出现如下界面，请问alignment中那么多选项，应该是哪个呢？
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17楼2011-04-26 23:05:43
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秋电工

新虫 (小有名气)
用Accessory application项下的ClustalW multiple alignment，比出来了，没有xp图片中的小色块。
首尾截序后，原来那个菌株与同源性高的仍然不聚在一起，是我截序没截对还是怎么了？
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18楼2011-04-26 23:55:36
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by 秋电工 at 2011-04-26 23:55:36:
用Accessory application项下的ClustalW multiple alignment，比出来了，没有xp图片中的小色块。
首尾截序后，原来那个菌株与同源性高的仍然不聚在一起，是我截序没截对还是怎么了？

我觉得是不是由于覆盖度不够啊，你看相似性的时候，还要看看下面的覆盖了多少个碱基，比如：
一个300bp的序列，前100bp与A相似性达100%，但是仅仅是100bp,后面的没有太高的匹配；但是前200bp与B相似性达95%，那建树结果可能就和B聚在一起了……
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19楼2011-04-27 08:58:34
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秋电工

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 秋电工 at 2011-04-26 23:55:36:
用Accessory application项下的ClustalW multiple alignment，比出来了，没有xp图片中的小色块。
首尾截序后，原来那个菌株与同源性高的仍然不聚在一起，是我截序没截对还是怎么了？

呃，覆盖度显示98%呀！XP，谢谢你一直跟进啊！今天拿这棵树去见老师了，很不满，我也解释不出所以然。现在不知道该怎么办了。能不能把这个怪异的序列给你，你帮我看看到底是哪出问题了？
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20楼2011-04-27 21:44:02
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秋电工

新虫 (小有名气)
人都过五一去了
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21楼2011-04-29 18:34:48
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秋电工

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhongfeng at 2011-04-26 11:13:12:
看看是不是你的序列反向了，

谢谢！如果反向了用什么软件能顺过来呢?
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22楼2011-05-03 09:32:50
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cellline

木虫 (正式写手)
学习了
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23楼2011-05-17 23:14:44
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ghs25372216

禁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
24楼2012-04-27 23:35:43
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1554934楼: Originally posted by ghs25372216 at 2012-04-27 23:35:43:
用mega4的clustalw比对后，可以右击选中不需要的delete啊，还要用其他软件专门截吗？

恩，用很多方法都可以，我当时比较习惯bioedit，现在发现用MEGA 5也挺好的，bioedit对序列内部碱基的修改我觉得还是蛮方便的
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25楼2012-04-28 11:35:21
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