寻找抗病基因，应该是感染后选择抗病强的长势好的植株或果实来采样吧。如果是采集受感染严重的植株，一般样品中会混有真菌，如果真菌量很大，你后续测序得到的大部分都是真菌的数据，如果较少如果你的真菌基因信息是已知的可以剔除真菌数据，但是如果真菌基因信息数据未知那就无法区分了。
个人的理解：应该是设置一组易感病植株但是不做感染处理当做对照，一组是抗病植株（这要基于前期的实验筛选得到的植株）。采集两组植株同一部位进行比较寻找抗病基因，