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质粒PCR产物片段大小问题

作者 梧桐柒夕
来源: 小木虫 750 15 举报帖子
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质粒为pUC57的大肠杆菌,质粒提取用的是自制试剂盒,经电泳过后确定是pUC57,然后用的是50μl的Taq体系进行的PCR扩增,引物自设的,将产物进行电泳时发现有两种不同的情况。其一是得到了400+的片段(此片段为正常片段),但同时做的相关平行组还得到了6000左右的片段。有没有相关PCR通透者可以解释一下,这个6000左右的片段会产生的原因?以及这个6000的片段是否正常? 返回小木虫查看更多

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  • 精华评论
  • 梧桐柒夕

    引用回帖:
    7楼: Originally posted by hailunl at 2014-06-08 23:08:12
    如果加上目标基因长度只有2.7k,扩出6k的非特异性条带,不可能什么转不转了两圈的。
    很有可能是引物,水,或者酶被污染。...

    被污染的情况应该也可以排除,使用的是同一管混合液。

  • 梧桐柒夕

    引用回帖:
    8楼: Originally posted by hailunl at 2014-06-08 23:15:46
    很明确告诉你,不可能是所有产物连在一起。什么转了一圈不一圈的,不要相信那些胡言乱语。我最讨厌不懂装懂。
    你延伸时间多长扩出6K的片段?你延伸400左右的片段扩出这么长的,不可能转了一圈。
    如果你真想找出原 ...

    好的。多谢~

  • 梧桐柒夕

    引用回帖:
    2楼: Originally posted by hailunl at 2014-06-08 19:11:00
    有非特异性很正常,PCR不能说明问题。
    例如,引物特异性不好,或者退火温度过低,延伸时间过长都会出现非特异性条带,
    只要有目标条带就可以了。
    如果你想再检测,建议提高退火温度,质粒为模板,退火温度高点没 ...

    PCR过程中,所P的片段有可能形成聚合物么,就是产物片段在特殊情况下形成重复片段聚合在一起了~~~

  • luwei13566

    1.不可能转两圈,第一圈到引物那里就停下来了。就算没停下来也是多扩了引物端的几个碱基。
    2.LZ你要扩400bp的产物,延伸时间肯定不会超过1min的,除非用的快速高保真那种酶,从速度上说也是不可能转圈的。
    3.LZ你说你的产物片段聚合在一起。这个问题就复杂了。你的基因是多重复序列吗?一般用反向PCR或者POE—PCR直接扩载体的时候条件不太好会出现多聚物聚集在点样孔跑不出来的现象。至于一般的从载体上扩基因会有杂带,但是这种复杂多聚物的情况至少我没遇见过啊。
    4.你的体系里除了载体就是扩出来的片段,如果你想探查原因的话,回收6000的片段做个双酶切算了。如果切出来载体带了,那说明这6000至少还是载体参与形成的。如果有基因的带了那真有可能像你说的多聚物。

  • 梧桐柒夕

    引用回帖:
    12楼: Originally posted by luwei13566 at 2014-06-11 15:23:49
    1.不可能转两圈,第一圈到引物那里就停下来了。就算没停下来也是多扩了引物端的几个碱基。
    2.LZ你要扩400bp的产物,延伸时间肯定不会超过1min的,除非用的快速高保真那种酶,从速度上说也是不可能转圈的。
    3.LZ你 ...

    首先,关于前三个的,第一条有人指出是不可能的了,第二条,延伸时间30s每个循环,条件都是合适的,有两组是正常的400+bp,第三个,重复序列是一个老师提出的建议,他们也有出现过聚合物的情况,现在在做产物纯化,想验证另一个想法,关于你说的双酶切,多谢建议,我查查之后再做一下。喔,关于你说的多聚物聚集在点样孔跑不出的现象,是没有的,电泳采用的Marker是5000的,有两组是400+,有三组是在5000以上的部分,很干净的条带,是可以跑动的

  • luwei13566

    引用回帖:
    13楼: Originally posted by 梧桐柒夕 at 2014-06-11 15:31:48
    首先,关于前三个的,第一条有人指出是不可能的了,第二条,延伸时间30s每个循环,条件都是合适的,有两组是正常的400+bp,第三个,重复序列是一个老师提出的建议,他们也有出现过聚合物的情况,现在在做产物纯化, ...

    1.如果考虑重复序列的话还是得关注你的基因,因为载体肯定是不会有那么多重复序列的。
    2.这个6000的片段很影响你下面的实验吗?不影响的话为什么纠结在这里呢

  • 梧桐柒夕

    引用回帖:
    14楼: Originally posted by luwei13566 at 2014-06-11 16:47:25
    1.如果考虑重复序列的话还是得关注你的基因,因为载体肯定是不会有那么多重复序列的。
    2.这个6000的片段很影响你下面的实验吗?不影响的话为什么纠结在这里呢...

    因为就是研究这个的呀~也不能说的太详细,就是想知道我P出来的这些个400+的片段为什么会变成6000+。以为不了解,所以云里雾里的。嘤嘤。
    如果找出原因,就不用再往下做了,这个是没有后续试验的。
    我所说的重复序列多聚物,就是指这些400+的片段在某种特定条件下形成了重复序列的多聚物,有这个可能么?

  • 梧桐柒夕

    引用回帖:
    2楼: Originally posted by hailunl at 2014-06-08 19:11:00
    有非特异性很正常,PCR不能说明问题。
    例如,引物特异性不好,或者退火温度过低,延伸时间过长都会出现非特异性条带,
    只要有目标条带就可以了。
    如果你想再检测,建议提高退火温度,质粒为模板,退火温度高点没 ...

    您好,问一下,您在做PCR的时候,有出现过P出的片段不是所需片段的时候么?

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