基因片段测序的问题
放线菌的保守序列PCR用来鉴别物种，用的通用引物，目标16S片段理论上应该是1500 bp左右，PCR之后和marker对照也是在1500 bp左右，但是送去华大基因测序之后返回的结果只有1250 bp左右，测了两次都是这样，PCR产物是用割胶回收的方法纯化后送样测序的。这个问题可能是出在什么地方呢？谢谢。
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有可能仍存在非特异性扩增，由于1500bp和1250bp差距不大，通过胶回收不一定能有效的将两者区分开。建议做TA克隆。另外做鉴别物种，通过比对即可，不一定非要1500bp啊。
嗯，因为是鉴定细菌的保守序列，一般不会有这种非特异性扩增。现在想会不会是测序的问题？长度大于1000bp 一个反应测不通。 鉴别物种倒可以，就是上传序列到NCBI 时一直提示序列有问题。说是有嵌合体（chimera）的存在
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